NBC宣布直接预订一部《法律与秩序：特殊受害者Law&Order:SpecialVictimsUnit》衍生剧，主演是曾在1999-2011年于剧集中演出的ChristopherMeloni。ChristopherMeloni会在此13集衍生剧中再次饰演ElliotStabler，讲述他在纽约警局领导一支反黑组。

新一季中，莱特曼集团的经营似乎陷入最困难的时期，集团与FBI的长期合作宣告终止，卡尔·莱特曼博士（蒂姆·罗素TimRoth饰）签约的新书迟迟未能完成，面临对簿公堂的窘境，而这位拥有极高才华的天才博士和家人、同事之间的关系也变得颇为复杂。他与女儿艾米莉（海莉·麦可法兰德HayleyMcFarland饰）相互依存，女儿有时会反抗父亲的强势，扮演着母亲的角色；他和吉莉安·福斯特（凯利·威廉姆斯KelliWilliams饰）的关系暧昧不清，相互试探，又颇显紧张。与此同时，各种各样棘手案件纷至沓来，银行抢劫案、文物展览会盗窃案、矿井爆炸案、宗教团体事件……无一不对莱特曼提出最严峻和最危险的考验。

60年来，“外星人劫持”事件屡有发生，但在2007年7月的一天，随着一颗彗星飞向地球，引起恐慌的撞击没有发生，却是4400个曾在不同年代被劫持的人一次性回归地球。经过一系列医疗观察，美国国土安全局计划安置他们，帮助他们回归社会，但是这些人身上逐渐开始显现出“特异功能”，他们中有的会意念治疗，有的有的可以“造梦”，有的能听到别人思想，但是对他们来说，如何继续生活下去才是最重要的，被“劫持”的一段时间似乎从他们生命中硬生生砍掉了，世界的变化令他们始料未及，仍有人在追寻“劫持”的真相，似乎有更大的使命在等待他们……

无须测谎仪，无须确凿证据，甚至无须声音，多数情况下只凭细微的表情变化便可判断的一个人说谎与否，这便是卡尔•莱特曼博士（TimRoth蒂姆•罗素饰）的高超本领。莱特曼博士供职于一家私人机构，该机构专事微表情的研究，对谎言的判定具有绝对的权威性。当FBI、警察或者民间机构遇到悬而未决的问题之时，便是莱特曼博士及其团队大展身手的好时候。他们凭借丰富的经验和谨慎的作风戳穿一个又一个谎言，将事实真相还原。在他们面前，任何说谎者都无处遁形。本片根据真人真事改编。

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。

在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。