飞弹伤无（赤羽根健治配音）表面看来是一个非常平凡的男孩子，在姐姐飞弹怜悧（衣川里佳配音）的安排下，他进入了战略防卫学园阿塔拉克西亚学习，这里生活的女孩们都拥有着各自的魔导装甲，希望能够通过学习如何操纵它们来成为一名合格的战士。实际上，飞弹伤无拥有着一项特殊能力，那就是通过触摸女孩们的身体来增加她们的装甲的威力。外冷内热嘴硬心软的千鸟渊爱音（影山灯配音）、热情奔放身材傲人的优莉西亚（赤崎千夏配音）、风纪委员姬川映流（长妻树里配音），在学园里，飞弹伤无很快就交到了朋友。

泷莲三郎（屋良有作配音）一个普通的上班族，而他有着不为常人所知的另一个角色——“黑暗护卫”（闇ガード），为了维护人界与魔界之间的和平而不断的战斗着。接到上级分配下的任务，与魔界的绝色美女麻纪绘（藤田淑子配音）一起保护魔导士乔瑟贝‧迈亚多（永井一郎配音），确保他在即将在东京签订的两界休战条约之前的安全。在机场经过一场恶斗后，总算是接到了迈亚多，而他却是个任性的好色老头。但俩人基于职责所在，将迈亚多护送到饭店。殊不知魔界激进派分子早已经设下埋伏并展开攻击，意图破坏和约的签订。危机中，泷与麻纪绘能否顺利完成任务？而随着局势发展，泷与麻纪绘发现整个事件背后令人惊讶的真相……本片的原始企画仅为35分钟左右的OVA作品，后来却在制作分镜稿时，发展成为87分钟的动画电影。

故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

“这里……是哪儿……”察觉到的时候，桐人不知为什么陷入了庞大的幻想风格虚拟世界。登录前的记忆模糊不清，只得在周围徘徊寻找线索。之后，来到漆黑的巨树“基家斯西达”旁边的他，同一名少年相遇了。“我的名字是尤吉欧。请多关照，桐人君。”少年是在虚拟世界的居民――即“NPC”，但是却如同人类一样拥有“丰富感情”。在和尤吉欧加深交往的同时，桐人也在摸索着登出这个世界的方法。在桐人的脑海中，某一个记忆苏醒了。那是幼年时的桐人和尤吉欧在山野奔跑的记忆――原本，不可能存在的记忆。而在那个回忆中，除了尤吉欧还有一个金发少女的身影。她的名字，是爱丽丝。绝对不应该忘记的、重要的名字。

半夜醒来的神乐。揉着眼睛来到庭院。庭院里开着樱花，花瓣不时散落一地，就着月色，格外漂亮。神乐就坐了在正对着庭院的走廊下，一边纳凉一边赏花。神乐：(自言自语)晚上的庭院，仿佛随时都会发生什么似的呢……突然一只蝴蝶从神乐的眼前飞过，带着闪亮亮的鳞粉。蝴蝶精：是的哟。晚上，的确很适合讲故事呢。神乐在鳞粉的作用下，就开始困倦，眼皮也开始一开一合。耳边也隐约传来了另一个声音。食梦貘：噗，我不像你有翅膀啦，等等我噗——蝴蝶精：快点快点啦，神乐大人睡着之后——蝴蝶精：就是梦中故事的开始啦！

内详

在人们与风共度的城镇·风罗市，每年都会举行一次“风祭”。在祭典的最后一天，传说中的宝可梦·洛奇亚会出现，并带来恩惠之风——在这样的古老传说仍然流传之际，聚集在城镇的人们怀抱各自的心绪前去参加祭典……。宝可梦的新手女高中生，莉莎。停不下说谎的吹牛男人，卡加奇。对自己没有自信的软弱研究家，托利托。厌恶宝可梦的古怪婆婆，翡翠。独自一人伫立于森林中的神秘少女，拉尔戈。小智、皮卡丘与他们相遇，驱动起大家的故事——。