该剧是一部犯罪动作搜查剧，讲述一次都没放下过案件的重案组“Outside Black-dog”刑警、满怀热情但苦于收视率不振的调查报导组PD、前职是侧写师的生活型侦探、隐藏过去经营着酒吧的传说的核爆社长、原本是国科搜精英解剖检察官的丧礼指导师，这5个人集合起来痛快且温暖地处理未解决案件的故事。
顺治皇帝福临（邓超 饰）少年在摄政睿亲王多尔衮和母亲孝庄太后（潘虹 饰）的一手扶持下登上皇位，整个少年时期都笼罩在多尔衮专制的阴影下，虽空有一身的抱负理想，却处处受限无法施展。命运被摆布于他人之手的福临在登基八年之际，自己的婚姻甚至也在孝庄皇后一手包办下完成，被迫迎娶了表妹博尔济吉特氏（郝蕾 饰）为皇后。而皇后高傲善妒的性子和年少的皇帝处处冲突，福临本就不喜欢自己的表妹，因此更加冷落了她。机缘巧合的福临认识了才女乌云珠（霍思燕 饰），对其渐生真情却因为自己的轻率而错失心爱之人，误把乌云珠捧手让给了弟弟果郡王博果尔为妻。而后少年皇帝以切磋文墨为由多次召见已是王妃的乌云珠，感情日深的二人终于再也无法脱离这早已身陷泥泞的爱情中，顺治帝力排众议，顶着多方压力迎娶了他的弟妻。但是甜蜜的生活没有持续多久，违背常伦已是让这段感情备受争议，而顺治帝对乌云珠的专宠更是引来了他人的因妒生恨。
故事是在曹院长倾其所有创建的“美好时光”养老院展开的，几位老人都因为各种原因在自己的生活境遇中各有不同的烦恼与矛盾，但不约而同地都选择了到养老院寻找自己理想的生活。在他们身上发生了一连串啼笑皆非的幽默故事之后，他们都恢复到了以前幸福美满的生活中。
人活了几十个年头，到了中年，总是因为生活压力、挫折而抱怨，只会为过去错失的机会而追悔，但这对无梦的人生，俨如一条咸鱼的生活有何用？剧中主角在经历人生低潮时因缘际会下得到改变历史的机会，但历史改写后，人生并没有变得更美好，此令主角明白到，与其懊恼过去，不如把握现在，活在当下。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
