1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
和两年前一样，伊藤源太郎和妻子千鹤住在东京的一栋房子里。各种各样的人混杂在一起，伊藤家依然波澜万丈！祈祷女儿们幸福，伟大的爸爸源太郎再次奋起。疾驰的“恋”“饭”“家族”的故事，在这个春天重新开始！
李尚民（金浩镇 饰）和尹紫英（李泰兰 饰）是大学时代就开始交往的恋人，彼此之间感情一直十分要好，然而某一日，李尚民却突然决定同上司赵闵珠（秋相美 饰）结婚，残忍的抛弃了紫英，此时的紫英腹中已经有了李尚民的骨肉，可是这并没能阻挡李尚民离开她的脚步。 紫英并没有将孩子打掉，而是选择了生下来好好抚养。之后，紫英遇见了成熟稳重的郑英俊（赵敏基 饰），英俊爱上了善良的紫英，可是紫英的过去让两人之间的感情面临了重重的困难和挫折。那边厢，赵闵珠怀孕了，可是她却一直怀疑李尚民和紫英之间还在藕断丝连。一场意外夺走了赵闵珠腹中的孩子，她再也不可能做母亲了。当李尚民得知紫英生下了自己的孩子时，他决定不惜一切手段，将孩子从紫英身边夺走。
