1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
在香港新型建筑群里，一群穿得高贵华丽的中产人士，及医生、律师、商人等各种专业人士，正在参加一个医学院所办的酒会，当中有皮肤科医生家豪及其工作伙伴玛丽、从日本来的刑警美惠、为捉拿非法商人而卧底的女探员，以及途经的女装PTU警察杨芳芳…… 众人都各怀目的来到这个酒会。 台上正在举行抽奖活动，每人都有一个幸运号码。突然，有四名青年持枪闯入，其中一人还受了伤。会场外，则已被重案组包围。 四名青年中受伤的那个伤重毙命。这令痛失亲弟的青年发了狂，他要用抽奖方式处决人质来为弟弟陪葬。被抽中的是医生家豪，他也是躲在暗处的PTU女警，杨芳芳的丈夫！
