前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!
日本承办的全球最大体育盛事WSG即将在东京举办开幕式。 为此，融合日本先进技术打造最高时速1000km的「真空超电导磁悬浮」即将通车。往返于新名古屋站至东京新开的芝浜站。 在这个万众瞩目的关头，汇集知名赞助商的酒会现场遇到了突发事件。 知名企业的高官接连遭到绑架。事件背后，是全程监视的赤井秀一，以及等候赤井发令的FBI探员们的身影。 根据柯南的推理，本次事件也许与15年前美国波士顿发生的WSG绑架事件有关，当时也是由FBI管辖。 这真的是偶然吗？在各国游客聚集的日本到底会遇到什么样的事件？ “贯穿日本的子弹”超真空电导磁悬浮启动之时，“危险一家人”终于集结！
麦克·麦克和奥斯卡从他们不可思议的冒险中归来已经一年了。现在，秃鹫在美国总统选举中破坏了将灰熊幼崽交给对手的邪恶计划后，麦克麦克、奥斯卡、熊猫少年和鹳开始了另一场伟大的冒险，他们乘坐齐柏林飞艇将小灰熊...
火星に赴任してきた刑事 ロス・シリバスは到着早々、カントリー歌手のケリー・マッキャノンが殺害される事件に巻き込まれる。そして、その遺体の分析結果からある事実が判明する。殺害されたのは人間ではなく、セカンドの水準を超える非合法の存在サードであったことが判明する。ロスはアミテージと共にこの事件を追うことになる。そして、その先にサードに纏わる事実も徐々にその姿を現す。
