警员陈富贵（王喜 饰）天资过人，刚从警察学校毕业就担起了卧底的重任，打入一犯罪集团内部搜刮它的首脑的罪证。犯罪集团追杀马来西亚新进女星梅香琴时，香港警方派出保护证人组保护她，陈富贵在暗中助她脱险时被保护证人组的探员关彦博（魏俊杰 饰）误会，以为他也是匪徒之一，于是大打出手。富贵凭借其机警灵活，摆脱了彦博的追捕。陈富贵完成卧底任务后，被调往保护证人组，与彦博成为拍挡。这群年轻人在保护证人组里一起面对各种艰险的挑战！
2002年一个举家团圆的中秋夜晚，肖兰兰、韩彩凤、张晓梅三家人聚集张晓梅自然清新的乡下老家在为五年前同一产房出生的三个孩子过生日。热闹喜庆的生日宴正要开始。在外玩耍的三个孩子，就象人间蒸发一样没了踪影。几个大人从喜悦祥和的气氛里遭受到了巨大打击，顿时陷入了灭顶之灾。孩子的集体失踪，给三个家庭带来了颠覆性的灾难。
1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
当神秘专线响起，负责接听的你，愿意付出多少代价完成任务？ 该剧改编自马修·奎克的同名小说，第一季结尾，FBI基层探员彼得·苏德兰（加布里埃尔·巴索 Gabriel Basso 饰）因拯救总统而立下大功。本季中，他将正式成为暗夜行动的一分子，然而，加入这个绝密组织，也意味着投身危机四伏、尔虞我诈的世界。
