故事是在曹院长倾其所有创建的“美好时光”养老院展开的，几位老人都因为各种原因在自己的生活境遇中各有不同的烦恼与矛盾，但不约而同地都选择了到养老院寻找自己理想的生活。在他们身上发生了一连串啼笑皆非的幽默故事之后，他们都恢复到了以前幸福美满的生活中。
1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
醉心舞蹈的李心盈(廖碧儿)一心投考香港舞蹈团，却在考试前在超市遇上哥哥李力强(黎耀祥)和同事程嘉俊(马浚伟)，盈不慎被俊的手推车绊倒，令盈在选拔试中失准，错失机会。盈决定接纳俊妈妈的邀请到小区舞蹈中心任教拉丁舞，为赴外国深造筹集学费。盈处处以心待人，有教无类，深受学员欢迎，因而获得机会到舞蹈坊任教，却惹起同是授舞的程嘉汶(陈法拉)的妒忌心，故意处处为难她。 另一方面，俊和强的老板突然安排太子女杨诗曼(徐子珊)回公司打理业务，曼为求提高员工士气，下令大肆改革，要求员工习舞锻炼体格，找来盈当导师，令本有舞蹈根底的俊重新领悟跳舞的真谛，令二人在舞蹈中培养了一段真挚及互信的感情，更决定双双参加国际大赛，可惜俊与强因公事起争议，令盈左右做人难，面临难以取舍的抉择…
故事围绕着长海县一个海岛乡搞渔家特色旅游展开。渔家店主海裕广和姚大发仅为一墙之隔，两个人一个热情大度，一个精明算计，在为人处事和经营管理上截然不同，在同行业竞争中也是矛盾不断。更令二人头疼的是两家的儿女却十分要好，大有结成连理之势。另一位渔家店主郎琴是个年轻漂亮的寡妇，带着一个有点弱智的小叔子度日，她热情开朗、敢爱敢恨，一直喜欢海裕广。同时，聪明的乡旅游助理何久乐则对郎琴一往情深。乡党委书记相海是个年轻漂亮、严厉干练的女强人。她热爱家乡的海岛，热爱家乡的人民，热爱自己的事业。在实施乡旅游兴乡的工作过程中，这个高傲的大龄女单身竟爱上了有些大大咧咧却热情豪爽、大智若愚的渔家汉子海裕广。最后，有情人皆成眷属，海裕广和姚大发也消除了隔阂，共同结成了渔家特色旅游联合体。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
