高中生夏目本来可以拥有平凡的高中生活，但是，他却能看到妖怪，并因此而苦恼。很多次，他都差点被妖怪夺去性命。 一次偶然的机会，夏目巧遇猫神。猫神告诉他，夏目的外婆玲子有一本“友人帐”上面记录了所有被玲子打败的妖怪的名字，玲子死后，妖怪为夺回名字，才纠缠夏目。只有把妖怪的名字还给他们，夏目才能恢复宁静的生活。 为了回到宁静的生活，夏目与猫神拿着“友人帐”开始了寻妖之旅，一段段关于妖怪的感人故事，就这样被引出。
新学年，桃成高中迎来了高一新生，各个社团纷纷摆出摊位，招揽新丁。这喧嚣的校园一角，一个颇有些奇怪的社团置身其中。天真烂漫的社长铃木结爱（西明日香 配音）、学习超好且温柔随和副社长佐藤阳菜（明坂聪美 配音）以及自由散漫的二年级高桥葵（荻野可铃 配音），因为苦苦思索想不出该加入什么社团，而最终成立了摸索社。为了配合日常系的节奏，摸索社的三名女孩强拉硬拽吸收了高一新生田中心春（大桥彩香 配音）加入进来，担当吐槽角色。国中时代没有参加任何社团的心春，虽然想体验社团活动，可是真心没想到会遇见这么不着调的几个前辈。浓浓的日常系气息，心春和前辈们的摸索社部活正式启动…… 本片根据たつき的原作改编。
「思い出して、翅（はね）があったころのことを」 1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。 太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！ 湘南の海に浮かぶ小島、江の島。 美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。 学園には、全国から優秀な子どもが集められ、 最新の機器を使った英才教育が施されていた。 特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、 感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、 謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。 戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。 「想星合体！ GO、アクエリオン！」 繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。 宿命を背負った少年少女は、 得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯する中、 この宇宙の真実と向き合っていくことになる……。 これは、おのれの感情と宇宙の存亡を賭けて紡がれる、壮大な愛の神話。
