1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
密战无声剧情讲述了在渡江前沿的海城，中共情报联络站一夜之间遭到国民党特务的毁灭性破坏。我党派出齐子义同志，通过各种渠道打入国民党保密局海城站，铲除叛徒，获取各类情报。 齐子义在刚到海城的第一天，陪同军统站廖站长一起和叛徒接头。齐子义万万没有想到，前来向敌人提供情报的竟是昔日战友褚兴，同时对方也认出了自己。紧急情况下，齐子义用备用手枪击毙了褚兴、廖站长和行动队刁队长，同时开枪将自己击伤。新任军统站站长尤放到任后到病房了解齐子义伤情，同时对齐子义产生怀疑。 此后，齐子义经历了特务组织的无数次考验，与敌人斗智斗勇，并在地下市委的配合下，同敌人展开了一次次生死搏杀。他抓住敌人内部尔虞我诈的特点，使敌人内部产生了一系列的暗杀和内讧。齐子义利用这样的机会，不断获取有价值的情报，为我军渡江战役做出了卓越的贡献。
故事发生在美丽的西南边陲。由罪恶、阴谋、美色、金钱和暴力编织的黑色网络一次又一次被年轻的边防缉毒战士撕毁。即使是曙光初照的黎明，为人类健康和尊严而战的硝烟仍远未散尽…… 高松是南疆边防支队调研参谋，朱镇疆是边防支队副支队长。在一次临时决定的紧急抓捕行动中，由于准备不充分，使境内头号毒枭马远从暗道逃脱，而且有两名战友在战斗中牺牲。高松因此受到上级调查局的怀疑，心理压力很大。情同兄长的朱镇疆毅然为高松承担了全部责任。 朱镇疆平静地脱下军装，转业到了地方的计生委。壮志未酬的朱镇疆感到分外失落，但他极力掩盖着，俨然以一位永不服输的硬汉姿态配合总队继续他一生为之奋斗的缉毒事业。 高松和吕跃既是战友又是情敌。两个男人如何面对情场战场的两难选择？方红原来以为高松会为了她改变自己，没想到职业在高松心里是第一位的，她很失望。 马远出境后投靠了地方军阀勐哈拉，他认为朱镇疆转业对自己开展业务很有利，因为朱镇疆对贩毒缉毒太熟悉了。 总队通报目前贩毒活动猖獗，内地查获几起特大贩毒案，毒品都是从云南入境的。毒贩作案手段扑朔迷离，支队每每在关键时刻失手。虽然侦破了几次马远策划的贩毒活动，但并未能摸到马远集团的核心。 风情万种的郭春主动投入高松的怀抱，却原来是为能争得报十年前杀父之仇的点点机会。朱镇疆的种种行为更令高松深感震惊，难以相信。他日渐消沉，喝酒赌博，终于被勒令转业。由此引出了真假莫辨的连环卧底，刀光剑影中英雄气短，儿女情长。 经过痛苦的选择，忠诚战胜了感情。高松借卧底身份，找到毒枭接头的地点。当高松终于一步步逼近事实真相，又一步步陷入险境时，朱镇疆以死结束了他挑战人性的使命，也结束了他给徒弟高松的最后一课。
天地伊始，万象皆新，巫族所镇守的九转玲珑石，集天地之气运，能颠倒日夜乾坤，其中的月华石更是有活生魂，药死人的奇效。 然暗巫为了夺取玲珑石，不惜使用黑暗血腥手段，于暗中挑起西魏、南梁以及阿柴族三方矛盾，欲图倾覆政权，趁乱夺取玲珑石。十一皇子元澈为了守卫国家边城，不惜以命相搏，几近魂飞魄散。幸得巫族相助，以月华石护住其心脉，使得其尚有一线生机。 其未婚妻殷采倩在巫族的帮助下，进入了元澈的梦境世界，欲助其解开心结，神魂重聚。然而却遭到了暗巫阻挠，功败垂成，更令殷采倩没想到的是昔日恋人竟在梦境世界里成为了陌路人，不仅性情大变人格分裂，还有青梅竹马的初恋，甚至连取向都来了个一百八十度大转弯。 这一切打得殷采倩措手不及，他们的感情终将何去何从？
