屹立于瑞拉王国中央的魔法学院，是所有孩子们的梦想之地，故事便发生在这所神奇的学院中。森川大法师的女儿美星进入魔法学院学习后，结识了小樱、美烁、明杰、郝男等，大家成为了好朋友一起学习生活。突然有一天，学院里的心石和美星父亲森川大法师一起消失了，为了寻回心石，还父亲清白，美星与伙伴们踏上了寻找之路。
これは拝み屋 京極堂がまだ古書店を開く前の物語―― 舞台は戦後間もない昭和23年、東京。 新制高校の二年生に進級した日下部栞奈は、国語の新任講師・中禅寺秋彦と出会う。 栞奈の周囲では、怪異にまつわる奇々怪々な事件が次々と発生。今日もまた、栞奈は助けを求め、仏頂面の中禅寺先生が待つ図書準備室の扉を開けるのだった――。
东京都高度培养高中，以百分之百的升学率和就业率为自豪，是一个梦幻般的学校，每月发放相当于10万日元的金钱点数。然而，其实际情况是一所实力至上主义的学校，只有少数成绩优秀者才能享受优厚待遇。进入第三学期，从D班晋升到C班的绫小路们前往林间学校。在那里，进行的是被称为“混合合宿”的全年级联合进行的特别考试。正如其名，男女分开，必须组成几个混合多个班级的小组，并以小组为单位进行评分的考试。迄今为止与其他班级的学生作为敌人争斗的他们，必须与他们合作才能获得高分，而且最重要的是，不能达到边缘线的小组将有人退学，这一规定让所有人都感到不安。激动人心的第三学期引起了波澜，现在正式拉开帷幕！
正值情窦初开之时的公主，以为自己的心上人是付望舒，却可惜无缘亦无份。而另一边，九皇叔和她虽以叔侄相称却并无血缘关系。皇叔对于她来说，亦师亦友，且两人年龄相差无几，可谓青梅竹马，两小无猜。可孟玉珥一开始却没意识到九皇叔的一往情深，爱他念他也不自知，毕竟辈分不对。
日本幕末时期，在江户长大的少女雪村千鹤出生在一个比较罕见的西医家庭，由于上京工作的父亲已经很久没有联系家里，千鹤怀着对父亲的担心而孤身来到京都，然而她在这里见到的却是正在与嗜血怪物作战的新选组队员们，由于目击到了新选组不为人知的秘密行动，千鹤暂时被软禁起来，从此与新选组结下奇妙的缘份。然而在继续寻找父亲的途中，千鹤遇到了神秘刺客的袭击，当她得知了秘密的全部与自己的身世之后，才发现自己的命运与新选组已经紧紧的联系在一起。（动画版的人物设定可谓美形到了极致，收到众多女粉丝追捧！）
