日本承办的全球最大体育盛事WSG即将在东京举办开幕式。 为此，融合日本先进技术打造最高时速1000km的「真空超电导磁悬浮」即将通车。往返于新名古屋站至东京新开的芝浜站。 在这个万众瞩目的关头，汇集知名赞助商的酒会现场遇到了突发事件。 知名企业的高官接连遭到绑架。事件背后，是全程监视的赤井秀一，以及等候赤井发令的FBI探员们的身影。 根据柯南的推理，本次事件也许与15年前美国波士顿发生的WSG绑架事件有关，当时也是由FBI管辖。 这真的是偶然吗？在各国游客聚集的日本到底会遇到什么样的事件？ “贯穿日本的子弹”超真空电导磁悬浮启动之时，“危险一家人”终于集结！
日本幕末时期，在江户长大的少女雪村千鹤出生在一个比较罕见的西医家庭，由于上京工作的父亲已经很久没有联系家里，千鹤怀着对父亲的担心而孤身来到京都，然而她在这里见到的却是正在与嗜血怪物作战的新选组队员们，由于目击到了新选组不为人知的秘密行动，千鹤暂时被软禁起来，从此与新选组结下奇妙的缘份。然而在继续寻找父亲的途中，千鹤遇到了神秘刺客的袭击，当她得知了秘密的全部与自己的身世之后，才发现自己的命运与新选组已经紧紧的联系在一起。（动画版的人物设定可谓美形到了极致，收到众多女粉丝追捧！）
乐小宇受力奥和剑齿虎的委托，需要穿越到过去不同的时空，寻找分裂成十块的核晶碎片。与此同时，外星钶龙奥米伽为了抢夺核晶，也陆续派出十大钶龙属下前往地球。为了阻止核晶被抢、地球被侵略，乐小宇和同伴福星、立夏先后唤醒了以霸王龙为首的多个远古钶龙加入队伍，共同展开一场又一场惊心动魄的热血冒险历程。
