阿伟（梁朝伟 饰）只是公司里的一介小小劳工，然而，主意满满的他对上司的种种行事方法颇有异议，更是屡次暗中阻挠。美娜（蓝洁瑛 饰）是康少的女友，却被霸道贪婪的人头马觊觎，人头马不顾美娜已经名花有主的事实，想尽了各种方法要得到她。阿伟将人头马的心思看在眼里，见招拆招，在暗中帮助康少，然而，随着时间的推移，他竟然亦爱上了单纯善良的美娜。 其实，康少的心中另有佳人，人头马见自己的奸计无法得逞，怒火中烧，竟然联手黑帮大姐，想要置阿伟于死地，两人相约以飙车的方式来一决胜负。面对狡猾的敌人，阿伟能否获得最终的胜利呢？
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
西门得宝是一个胸无大志的客栈老板。为了招揽生意，他吩咐小弟屠昊等人假扮劫匪打劫路人，关键时刻自己假扮将军出手相助，然后引导客人进店消费。好景不长，得宝的骗局被一个神秘僧人戳穿难以为继。祸不单行，灵州刺史何骁为了夺取藏在客栈里的藏宝图，杀害钦差，并嫁祸于得宝。一夜之间，得宝成了朝廷通缉的要犯，儿子有肉也死于非命。为了复仇，得宝开始跟随僧人修炼武功，得宝家族与少林寺的渊源和屠昊的阴谋，也被一一揭开.......
驻南美某国日本大使馆，大使黛竹千代（松本幸四郎 饰）为人冷酷严厉，奢华无度，他利用职权之便大肆敛财，引得当地民众怨声载道。适值外务大臣即将来访的重要时刻，作为参事的川北健（及川光博 饰）不愿再涉足泥潭，准备召开媒体恳谈会将大使的罪行公布于众，他也由此引来杀身之祸。与此同时，刚巧来南美洲度假的古畑任三郎（田村正和 饰）因护照被猴子偷走而被迫滞留，所幸遇到了无处不在的花田（八岛智人 饰）而暂得栖身之地。不久之后，绑架川北的勒索信函送至，但是这封疑点重重的勒索信马上便引起古畑刑警的怀疑…… 本片为《古畑任三郎》系列第五部SP。
