第三季的故事从“高第街工业品市场”铭牌挂上高第街牌坊开始，街坊们有的早餐店越做越火，有的从事服装生意，有的专卖进口产品，有的开音乐茶室，有的组建乐队，有的赴港探亲……在充满激情的年代，高第街街坊们跟着时代的步伐，每个人都找到自己的新生活。
1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
德广押的老板，高义文（夏雨 饰）深受街坊四邻的尊敬，作为当铺老板的他乐于助人，天生一副热心肠，而他最为自豪的是膝下的三个儿女。大儿子高威庭（麦长青 饰）作为视光师已成家立业，和妻子温婉娴（胡定欣 饰）相亲相爱；二女儿高如珠（钟嘉欣 饰）作为警界新人继承了义文的热心肠，爱好打抱不平，和林发（马浚伟 饰）整日斗气；小女儿高如宝（乐瞳 饰）马上要从加拿大学成归来，主修会计的她可谓前途无量。子女都颇争气的义文感到非常幸福。 但这时，危机也接踵而来。任职于眼镜店的大儿子遇到了工作危机，可能会失业；和如珠一直很要好的男友有了外人，感情遇到了危机；小女儿如宝原来没有修会计……但有烦心事不见得是坏事，说不定是转机，当旺爸爸的家庭故事就此拉开……
改编自2011年布莱德利·库珀主演的同名电影，男主角布莱恩·芬奇（Brian Finch）发现了一种具有神秘力量的药物NZT，于是他便使用自己获得的全新超能力帮助FBI解决案件。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
