该剧讲述了 刘牧饰演的抗 战期间身为军 统和中共地下 党双料特工的 赵运达与樊少 皇饰演的土匪 胡大山阴差阳 错中上演的一 段亦敌亦友、 “双雄夺宝”、 追踪国宝——北京人头盖骨 的精彩故事。
1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
With Lidsay and Bobby's help, Jimmy defends his personal friend, dentist Henry Olson, when he is tried for murdering a woman who was fount dead in his chair. Hostile ADA Richard Bay tries to prove the two were having an affair, when in fact their relationship was a lot more complicated than he could possibly imagine. Meanwhile, decapitator George Vogleman returns, asking for Ellenor's help when his co-op serves him with a eviction notice.
20世纪50年代，天下大局已定，然而在西南边陲等偏僻所在，国民党残余势力以及根基深厚的土匪恶霸仍做着最后的殊死抵抗。地形和局势均十分复杂的鄂西地区，盘踞着多股难以对付的敌对势力。身世坎坷的关勇波（黄海波 饰）被利川县委副政委罗大成（李雪健 饰）从土匪窝里救出，经过新社会的锻造和历练，他不仅加入了中国共产党，还成为一名剿匪工作队长。对家乡知根知底的勇波担负起剿匪重任，却不得不面对让他最为关切的好兄弟覃天恕（任泉 饰）。孩童时代勇波曾被富庶的覃家所救，从此和少爷天恕亲密无间，情同手足。而如今天恕因种种原因成为远近闻名的土匪头子。 当年的好兄弟，而今成为战场上的敌人……
