初入职场的秦明（张耀 饰）为了调查母亲遇害的谜团时意外被卷入一宗凶杀案，因此结识了安然（汤敏 饰）、林涛（彭楚粤 饰）、环环（马昕墨 饰）等一众法医和警员。剧中每一个案件背后都是一个社会话题，每一个案件独立却又与一个巨大阴谋有着千丝万缕的联系。 剧集根据《法医秦明》系列的第一部作品改编。
邪派魔头宣慈一心想夺取天师府的至宝，率领手下进攻天师府，导致张天师受伤后逃离。宣慈派出三大杀手追击张天师。林楚燕是地方官林浩然的独生女，她从奶妈胡大婶那里学得一些小法术，能够在酒后施展阴阳眼，察觉到鬼魅的存在。林浩然是文官，而司徒镇业则是武官，两人相互勾结以敛财，为了避免猜忌，他们决定撮合他们的子女成婚。林楚燕对司徒文武有着深厚的感情，两人最终结为夫妻。然而，命运捉弄人，他们的成婚之夜楚燕因误饮交杯酒，看见了不应该看到的事物，导致误伤了婆婆，最终被休去妻子的地位。 尽管楚燕私下暗恋丈夫，她尽管生性高傲，内心却充满不甘，仍然不顾万里艰辛，寻找文武，希望能够挽回他的心。张天师发现司徒文武是七星脚，是修道的奇才，便收他为徒。张天师了解到楚燕的心思，决定帮助他们重新走到一起。在一个小镇上，文武遇见了戏班花旦凝凤，对她一见倾心。然而，戏班中的文生金玉棠也对凝凤展开了追求，却无意中发现她实际上是魔教的杀手人凤，并最终被杀害灭口。人凤对文武动了真情，但却因宣慈的命令要杀死文武，幸好张天师和楚燕及时赶到，最终人凤被张天师所杀。尽管遭遇重重困难，文武依然执迷不悟，愤然离去。
1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
故事开始于八百年前，柯天仁（杨庆煌 饰）虽然拥有一颗善良的内心，却因为其丑陋的外貌而饱受周遭人的欺侮。只有千金小姐白玉莲（况明洁 饰）不嫌弃柯天仁的外貌，不仅如此，她还三番五次的帮助柯天仁渡过难关。随着时间的推移，两人之间产生了真挚的感情，然而，这段感情注定不会有结果，在家人的强烈反对和棒打鸳鸯之下，柯天仁和白玉莲忍痛分手，并相约来世再续前缘。 就这样一晃数百年过去，柯天仁投胎转世成为了玉琳和尚，而白玉莲则化身成为顺亲王府的珍格格。一场意外的邂逅让珍格格想起了两人前世未尽的姻缘，可是玉琳和尚早就把身心全部奉献给了佛祖。
The staff tries to deal with physical and emotional trauma in the wake of the deadly rampage.
