《萌鸡小队》讲述了四只萌鸡宝宝在妈妈的关爱下，与其他小动物一同快乐相处，共同成长的故事。在遥远的大森林里，有一棵美丽的大树，大树底下被弹性十足的蘑菇和争奇斗艳的花朵包围着，形成了一个宽阔的大自然游乐场，这就是萌鸡们的家。萌鸡妈妈美佳开明又热心，四只萌鸡宝宝（大哥大宇、二姐朵朵、三哥欢欢、小弟麦奇）活泼又可爱。他们互相帮助，四处探险，还结交了很多新朋友，共同描绘出一幅清新童趣的森林画卷，让小朋友们在领略大自然的奥妙的同时，也在萌鸡身上学到许多美好品质。
屹立于瑞拉王国中央的魔法学院，是所有孩子们的梦想之地，故事便发生在这所神奇的学院中。森川大法师的女儿美星进入魔法学院学习后，结识了小樱、美烁、明杰、郝男等，大家成为了好朋友一起学习生活。突然有一天，学院里的心石和美星父亲森川大法师一起消失了，为了寻回心石，还父亲清白，美星与伙伴们踏上了寻找之路。
日本承办的全球最大体育盛事WSG即将在东京举办开幕式。 为此，融合日本先进技术打造最高时速1000km的「真空超电导磁悬浮」即将通车。往返于新名古屋站至东京新开的芝浜站。 在这个万众瞩目的关头，汇集知名赞助商的酒会现场遇到了突发事件。 知名企业的高官接连遭到绑架。事件背后，是全程监视的赤井秀一，以及等候赤井发令的FBI探员们的身影。 根据柯南的推理，本次事件也许与15年前美国波士顿发生的WSG绑架事件有关，当时也是由FBI管辖。 这真的是偶然吗？在各国游客聚集的日本到底会遇到什么样的事件？ “贯穿日本的子弹”超真空电导磁悬浮启动之时，“危险一家人”终于集结！
东京都高度培养高中，以百分之百的升学率和就业率为自豪，是一个梦幻般的学校，每月发放相当于10万日元的金钱点数。然而，其实际情况是一所实力至上主义的学校，只有少数成绩优秀者才能享受优厚待遇。进入第三学期，从D班晋升到C班的绫小路们前往林间学校。在那里，进行的是被称为“混合合宿”的全年级联合进行的特别考试。正如其名，男女分开，必须组成几个混合多个班级的小组，并以小组为单位进行评分的考试。迄今为止与其他班级的学生作为敌人争斗的他们，必须与他们合作才能获得高分，而且最重要的是，不能达到边缘线的小组将有人退学，这一规定让所有人都感到不安。激动人心的第三学期引起了波澜，现在正式拉开帷幕！
