城市中出現了來歷不明的光病毒。SRC中的Eyes隊成員為要確認光源搜尋至鏑矢島，遇上了對怪獸充滿愛心的預備飛行員春野武藏。此時，光病毒入侵怪獸力特里亞斯體內，力失控，Eyes準備向力發動攻擊，武藏決要阻止，危急中，超人高斯終於回來。
故事发生在位于东京都的音乃木坂学院中，经济不景气，人口老龄化等等的社会问题让这所学校的招生成为了难题。找不到学生，学校只能关门大吉，就在这时，九名少女站了出来。这些对学校感情极深的少女们决定，要为了保护学校不被废校而做出努力。 活泼健气的高坂穗乃果（新田惠海 配音），温文尔雅的园田海未（三森铃子 配音），温柔勇敢的南小鸟（内田彩 配音），聪明伶俐的混血儿绚濑绘里（南条爱乃 配音），我行我素的学生会长东条希（楠田亚衣奈 配音），傲娇大小姐西木野真姬 （堀絵梨子 配音），运动系少女星空凛（饭田里穂 配音），默默无闻的小泉花阳（久保由利香 配音），OTAKU宅女矢泽妮可（德井青空 配音），这些勇敢的少女组成了偶像团体，发誓要为了保护学校不被废校而做出绝对的努力。
乐小宇受力奥和剑齿虎的委托，需要穿越到过去不同的时空，寻找分裂成十块的核晶碎片。与此同时，外星钶龙奥米伽为了抢夺核晶，也陆续派出十大钶龙属下前往地球。为了阻止核晶被抢、地球被侵略，乐小宇和同伴福星、立夏先后唤醒了以霸王龙为首的多个远古钶龙加入队伍，共同展开一场又一场惊心动魄的热血冒险历程。
「思い出して、翅（はね）があったころのことを」 1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。 太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！ 湘南の海に浮かぶ小島、江の島。 美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。 学園には、全国から優秀な子どもが集められ、 最新の機器を使った英才教育が施されていた。 特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、 感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、 謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。 戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。 「想星合体！ GO、アクエリオン！」 繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。 宿命を背負った少年少女は、 得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯する中、 この宇宙の真実と向き合っていくことになる……。 これは、おのれの感情と宇宙の存亡を賭けて紡がれる、壮大な愛の神話。
