该剧讲述了1921年前后的中国,以及李大钊陈独秀毛泽东等人，怎样一步步选择了共产主义，直至中国共产党诞生的故事。
1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
北宋，文有开封府包拯，武有天波府杨家将共同护卫宋室。 仁宗年间，杨六郎延昭率领宋军与辽军大战。主帅庞龙妒忌杨家将之功名，用计拖延援兵，导致六郎战死辽境。幸而杨宗保得庞烈之助逃回天波府。 杨文广悲痛祖父遭陷害，行刺庞龙未果，险被擒获，得卫灵儿之助逃离现场。孰料卫灵儿意外杀害宫中传旨太监，庞太师于是追究杨文广，欲定其死罪。王丞相在宋仁宗面前力保杨家，举荐开封府包拯审理此案……
1937年淞沪抗战爆发，战火迅速蔓延至苏州。珠宝商方元的太太及女儿在一次汉奸的破坏行动中被炸身亡，为报血海深仇，方元舍弃家业而走上抗日之路，开始了独自刺杀汉奸的复仇行动。在铲除“汉奸”头子——女医生陈如歌时，方元隐隐感觉陈如歌并非汉奸，二人随即陷入汉奸设置的重重危机，从而刺杀变成了保护。其后在陈如歌的帮助下，方元加入了中国共产党领导的抗日队伍，并在抗日救国行动中与陈如歌相知、相爱。二人的爱情历经战火洗礼，经过几次生死离别之后，方元与陈如歌在工作中产生误会，导致二人情感破裂，在感情路上分道扬镳。但二人共同的爱国、救国情怀令他们彼此挂念，最终在抗日战争全面胜利之时重新走到一起，携手迎接新中国的到来。
