美丽的数学岛上，有一个神奇的愿望之码。只要将“咔布”生产出的数字和“加减乘除”身上的符号正确填入其中，就可以实现任何愿望。博士为了实现统治世界的野心，一心想要得到五只咔布。在数学天才罗克和伙伴们的努力下，博士的阴谋最终破灭。博士跌入了愿望之门，竟然回到了过去。重回数学岛后，博士假扮成数学王子，更加疯狂地继续自己的阴谋。罗克和伙伴们齐心协力，一次次地挫败了“数学王子”的阴谋，恢复了数学岛的安宁。
屹立于瑞拉王国中央的魔法学院，是所有孩子们的梦想之地，故事便发生在这所神奇的学院中。森川大法师的女儿美星进入魔法学院学习后，结识了小樱、美烁、明杰、郝男等，大家成为了好朋友一起学习生活。突然有一天，学院里的心石和美星父亲森川大法师一起消失了，为了寻回心石，还父亲清白，美星与伙伴们踏上了寻找之路。
日本承办的全球最大体育盛事WSG即将在东京举办开幕式。 为此，融合日本先进技术打造最高时速1000km的「真空超电导磁悬浮」即将通车。往返于新名古屋站至东京新开的芝浜站。 在这个万众瞩目的关头，汇集知名赞助商的酒会现场遇到了突发事件。 知名企业的高官接连遭到绑架。事件背后，是全程监视的赤井秀一，以及等候赤井发令的FBI探员们的身影。 根据柯南的推理，本次事件也许与15年前美国波士顿发生的WSG绑架事件有关，当时也是由FBI管辖。 这真的是偶然吗？在各国游客聚集的日本到底会遇到什么样的事件？ “贯穿日本的子弹”超真空电导磁悬浮启动之时，“危险一家人”终于集结！
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
火星に赴任してきた刑事 ロス・シリバスは到着早々、カントリー歌手のケリー・マッキャノンが殺害される事件に巻き込まれる。そして、その遺体の分析結果からある事実が判明する。殺害されたのは人間ではなく、セカンドの水準を超える非合法の存在サードであったことが判明する。ロスはアミテージと共にこの事件を追うことになる。そして、その先にサードに纏わる事実も徐々にその姿を現す。
