前英国间谍西尔维亚·福克斯（Emilia Fox饰）在本季已经定居在翁布里亚乡下，她希望享受宁静的乡村生活，和她的姐姐（Tara Fitzgerald饰）叙叙旧，同时修缮她的房子。然而旧习难改，不一会儿，她就在调查关于当地社区骨干的谋杀案了。不久后，她还将以军情六处（MI6）间谍的身份参与一场危机四伏的湖边派对。就在西尔维亚以为可以享受度假生活的时候，一个“已逝”的男人突然前来寻求报复。西尔维亚的家人能争分夺秒，营救西尔维亚吗？
驿站附近的乐活山庄，暗中收集情报。女掌柜田津津聪明机警，乐于助人，跑堂田大壮武功高强，琴师朴岛毅见多识广。账房田大娘眼力佳记性好。四人各有秘密，却凑到一起。意气风发的福将军因得罪权贵，被贬中枢驿站。但实际上是来中枢城查一件要案。二人日久生情之际，边关急信丢失，送信差役惨死，彻底搅动了城中风云
抗战胜利后，由山东老区组建的四连护送工作队开赴南满塔河地区，建立新的民主政权。刚刚提升的指导员林玉生（朱亚文 饰）带队行进中突遭敌人伏击，我方损失惨重，女队员秋英（甘婷婷 饰）在战斗中失踪，久寻无果判定已牺牲。真实情况是秋英脱险后也在寻找林玉生，结果是每每都失之交臂。后来相逢后，俩人沿袭了先前那和争强好胜的别扭关系。辽沈战役前夕，由于主力战略转移，四连军心不稳，陆续发生了军纪问题，感情问题，以及上下级矛盾等诸多问题，但林玉生逢山开路、遇水搭桥，逐步化解了困忧部队的种种困难，他要向秋英证明，自已现在已是个合格的指导员……
1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
德广押的老板，高义文（夏雨 饰）深受街坊四邻的尊敬，作为当铺老板的他乐于助人，天生一副热心肠，而他最为自豪的是膝下的三个儿女。大儿子高威庭（麦长青 饰）作为视光师已成家立业，和妻子温婉娴（胡定欣 饰）相亲相爱；二女儿高如珠（钟嘉欣 饰）作为警界新人继承了义文的热心肠，爱好打抱不平，和林发（马浚伟 饰）整日斗气；小女儿高如宝（乐瞳 饰）马上要从加拿大学成归来，主修会计的她可谓前途无量。子女都颇争气的义文感到非常幸福。 但这时，危机也接踵而来。任职于眼镜店的大儿子遇到了工作危机，可能会失业；和如珠一直很要好的男友有了外人，感情遇到了危机；小女儿如宝原来没有修会计……但有烦心事不见得是坏事，说不定是转机，当旺爸爸的家庭故事就此拉开……
玛丽索（阿娜·奥缇兹AnaOrtiz饰）的儿子被控告谋杀，为了替儿子洗脱罪名，玛丽索需要大笔的金钱周转。罗斯（丹妮亚·拉米雷兹DaniaRamirez饰）的丈夫英年早逝，留下一个儿子靠罗斯...
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
