Covert black ops and espionage take a back seat to zany personalities and relationships between secret agents and drones.
日本承办的全球最大体育盛事WSG即将在东京举办开幕式。 为此，融合日本先进技术打造最高时速1000km的「真空超电导磁悬浮」即将通车。往返于新名古屋站至东京新开的芝浜站。 在这个万众瞩目的关头，汇集知名赞助商的酒会现场遇到了突发事件。 知名企业的高官接连遭到绑架。事件背后，是全程监视的赤井秀一，以及等候赤井发令的FBI探员们的身影。 根据柯南的推理，本次事件也许与15年前美国波士顿发生的WSG绑架事件有关，当时也是由FBI管辖。 这真的是偶然吗？在各国游客聚集的日本到底会遇到什么样的事件？ “贯穿日本的子弹”超真空电导磁悬浮启动之时，“危险一家人”终于集结！
故事发生在位于东京都的音乃木坂学院中，经济不景气，人口老龄化等等的社会问题让这所学校的招生成为了难题。找不到学生，学校只能关门大吉，就在这时，九名少女站了出来。这些对学校感情极深的少女们决定，要为了保护学校不被废校而做出努力。 活泼健气的高坂穗乃果（新田惠海 配音），温文尔雅的园田海未（三森铃子 配音），温柔勇敢的南小鸟（内田彩 配音），聪明伶俐的混血儿绚濑绘里（南条爱乃 配音），我行我素的学生会长东条希（楠田亚衣奈 配音），傲娇大小姐西木野真姬 （堀絵梨子 配音），运动系少女星空凛（饭田里穂 配音），默默无闻的小泉花阳（久保由利香 配音），OTAKU宅女矢泽妮可（德井青空 配音），这些勇敢的少女组成了偶像团体，发誓要为了保护学校不被废校而做出绝对的努力。
来生三姐妹经营着一家名叫“猫眼”的咖啡店。其实，三姐妹是海恩茨的女儿，这位伟大的画家与收藏家，在三姐妹小时神秘失踪了，而随着父亲的失踪，家中的藏品也都一夜蒸发。于是，三姐妹白天是活泼可爱的少女，夜里变身成黑夜中的盗贼——“猫眼三姐妹”。她们只偷那些曾经是父亲的藏品，希望借此寻找到失踪的父亲的蛛丝马迹。而二妹来生瞳更是特殊，因为她的男友正是要逮捕“猫眼三姐妹”的年轻警察。真相与爱，黑夜中游走的三姐妹在一次次犯罪中找寻这些问题的答案。
偶像组合·ST☆RISH与作曲家·七海春歌当做共同目标的，国际性体育祭典·通称SSS的开场演出。然而其选拔演唱会却在突然现身的Raging Entertainment的偶像组合·HE★VENS的乱入下陷入混乱。但，在Shining事务所的前辈偶像·QUARTET NIGHT所提案的某个想法之下，三个组合开始以新的舞台为目标。发誓复仇的HE★VENS、以完全胜利为目标的QUARTET NIGHT，以及ST☆RISH当做目标的未来，在那里等着的究竟会是……？卷起爱的大革命的偶像们，现在，成为传说！距离那次盛大的SSS开场歌手选拔LIVE已经过去了一个月，春歌回想起那场演唱会就激动不已。HE★VENS的突然乱入，让QUARTET NIGHT和ST☆RISH陷入了暂时的混乱。三个偶像组合都以担任SSS开场歌手为目标，最终获得了开场歌手资格的是QUARTET NIGHT。没想到，QUARTET NIGHT竟然拒绝了这次的机会，他们希望与HE★VENS和ST☆RISH再决胜负，公平的竞争这次的开场歌手资格。QUARTET NIGHT四人决定搬到一起去过宿舍生活，这也是他们现在正需要的。其他组合都有很强的团体意识，可QUARTET NIGHT的四人却很少有这样的意识。在今晚的直播音乐节目Song Festa上，ST☆RISH与HE★VENS都担任了出席嘉宾。成员们互相都不知晓这样的情况，大家作为SSS决战的对手，这样的照面实在有些尴尬。
