顺治皇帝福临（邓超 饰）少年在摄政睿亲王多尔衮和母亲孝庄太后（潘虹 饰）的一手扶持下登上皇位，整个少年时期都笼罩在多尔衮专制的阴影下，虽空有一身的抱负理想，却处处受限无法施展。命运被摆布于他人之手的福临在登基八年之际，自己的婚姻甚至也在孝庄皇后一手包办下完成，被迫迎娶了表妹博尔济吉特氏（郝蕾 饰）为皇后。而皇后高傲善妒的性子和年少的皇帝处处冲突，福临本就不喜欢自己的表妹，因此更加冷落了她。机缘巧合的福临认识了才女乌云珠（霍思燕 饰），对其渐生真情却因为自己的轻率而错失心爱之人，误把乌云珠捧手让给了弟弟果郡王博果尔为妻。而后少年皇帝以切磋文墨为由多次召见已是王妃的乌云珠，感情日深的二人终于再也无法脱离这早已身陷泥泞的爱情中，顺治帝力排众议，顶着多方压力迎娶了他的弟妻。但是甜蜜的生活没有持续多久，违背常伦已是让这段感情备受争议，而顺治帝对乌云珠的专宠更是引来了他人的因妒生恨。
2002年一个举家团圆的中秋夜晚，肖兰兰、韩彩凤、张晓梅三家人聚集张晓梅自然清新的乡下老家在为五年前同一产房出生的三个孩子过生日。热闹喜庆的生日宴正要开始。在外玩耍的三个孩子，就象人间蒸发一样没了踪影。几个大人从喜悦祥和的气氛里遭受到了巨大打击，顿时陷入了灭顶之灾。孩子的集体失踪，给三个家庭带来了颠覆性的灾难。
德广押的老板，高义文（夏雨 饰）深受街坊四邻的尊敬，作为当铺老板的他乐于助人，天生一副热心肠，而他最为自豪的是膝下的三个儿女。大儿子高威庭（麦长青 饰）作为视光师已成家立业，和妻子温婉娴（胡定欣 饰）相亲相爱；二女儿高如珠（钟嘉欣 饰）作为警界新人继承了义文的热心肠，爱好打抱不平，和林发（马浚伟 饰）整日斗气；小女儿高如宝（乐瞳 饰）马上要从加拿大学成归来，主修会计的她可谓前途无量。子女都颇争气的义文感到非常幸福。 但这时，危机也接踵而来。任职于眼镜店的大儿子遇到了工作危机，可能会失业；和如珠一直很要好的男友有了外人，感情遇到了危机；小女儿如宝原来没有修会计……但有烦心事不见得是坏事，说不定是转机，当旺爸爸的家庭故事就此拉开……
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
