1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
该剧以华盛顿特区为背景，讲述了高中数学天才KC·库珀的故事。她发现父母是秘密为名为“组织”的机构工作的卧底特工后，被父母招募加入特工队伍。她的弟弟因为感到被冷落而试图帮忙，最终也加入了特工队伍。他的愿望促使父母决定再添置一个机器人孩子。每集都围绕KC和她的家人展开，讲述他们如何应对常见的家庭问题，同时执行拯救国家的任务。贯穿全剧的主线剧情是挫败一个犯罪组织的阴谋。
元朝灭亡后，经过长达十五年征伐兼并，草莽英雄朱元璋（唐国强 饰）终于打败最后一个强劲对手张士诚，在虎踞龙蟠的应天府开创了大明江山的雄伟霸业。这期间刘基、常遇春、徐达等开国将领自然功不可没，而大脚皇后马秀英（吕丽萍 饰）更为朱氏王朝的霸业起到了不可忽视的作用。但是天下初定，乱流湍急，张士诚的女儿、元王朝遗孤、当朝宰相胡惟庸等各方势力和人物时刻威胁着朱元璋的政权和性命。一向大大咧咧、刚愎自用的朱元璋无法及时察觉暗中进行的野心阴谋，好在马皇后心思缜密，从中周旋，化解了无数的危机。 这对吵吵闹闹的夫妻，将携手奠定明王朝的千秋国基……
本剧讲述了在抗日战争最艰苦的岁月里，医生杨冠雨和副县长杜松山虽身在大后方却心系战局，支援前线，拯救民众，与大发国难财的腐败官僚进行斗争的故事。爱恨情仇、生死缠绵，热泪和鲜血锻造出伟大的人格。 全剧波澜迭起，人物鲜明，描绘出抗战大后方一幅耐人寻味的历史画卷。 1938年武汉失守，杨冠雨受国民政府委派，带着助手谢霖来到大后方玉城筹建伤兵医院，没想到玉城名医项鸿年在家中被人暗杀，由他掌管的伤兵医院巨额筹建款不翼而飞……抗日英雄副县长杜松山着手调查此案，耿直的杜松山与杨龃龉不断，却被杨发现颈椎中的残留弹片而急需手术……杜成了杨到玉城以后的第一个病人。杨冠雨与何雪珍邂逅，一见钟情，却不知何雪珍与杜松山早有婚约…… 为了揪出幕后黑手，杜与女共产党员方淑云演了一出苦肉计，那黑手其实就是玉城县县长骆元发，骆元发舍卒保车，县长助理老潘拒捕，被杜松山击毙。为此方淑云也付出了代价，被谴回原籍—已经沦陷了的武汉。杜为了解救方而向其求婚，而杨何也终成眷属，二对新人同日结婚，却遭遇日军空袭玉城……杨冠雨发现玉城的重重黑幕，为讨回医疗款与骆元发结仇。谢霖多年前曾受日本人引诱，签署过合作书，日本特务石原找上门来，威胁谢协助炸掉伤兵医院和炼铁厂，谢在最后的关头忏悔了，保住了伤兵医院，炼铁厂化为焦土，石原被俘自杀，谢精神几近崩溃，行踪被骆元发发现，骆利用谢的胆怯诬陷杨冠雨通敌叛国……回龙镇爆发鼠疫，杜立下生死状力保监狱中的杨冠雨出任疫情总指挥，几个月的奋战杨冠雨带着他的医疗队与死亡争分夺秒……就在制服鼠疫之时，骆派出的杀手已经悄然而至，方淑云为保护杨牺牲，留下遗腹子杜铁…… 岁月无痕，抗日战争已经经历了第八个年头，坚信“中国必败”的骆更加心狠手辣，而感情失意的谢霖也迁怒于杨，二人勾结起来，诬陷杨贩卖毒品，并设下圈套陷害何雪珍，杨为了保护何只得承担罪名。他坚守着医者的信念，却放弃了医生的尊严。何痛不欲生，选择了与骆同归于尽……远征军归来带来瘟疫，玉城岌岌可危，杜率军对峙一触即发，杨冠雨以人格的力量阻止了一场恶斗，杜为保护杨身中数枪，生死未卜……胜利的日子已经来临，杨冠雨在玉城的欢呼声中走向手术台，手术台上是他的兄弟、朋友、曾经的情敌、现在的战友—杜松山。
民国初年，生长在一个封建大家庭的进步学生方贺生（马景涛 饰）做了一件他最不愿意的事情，为了完成病重母亲的心愿而与和自己毫无感情的当地农户的女儿谢秀巧（陈秀雯 饰）结合了。婚后贺生离家外出，与自己的恋人张文凤（邓萃雯 饰）一起在省城居住。随着革命的爆发，贺生与万千有为青年一起参加了北伐战争。而深明大义的秀巧在乱世中将身怀六甲的文凤接回了方家定居，文凤虽然十分感激秀巧，但始终心里一直放不开。于此同时，秀巧的好友石佩佩（商天娥 饰）之前被父亲许配给了当地一个军阀，北伐期间那军阀不知所踪了，动荡中佩佩只好下嫁给方家老爷作填房。 一家人就这样一直生活着，北伐战争结束了，却始终没有贺生的消息。当大家都以为贺生已经牺牲了的时候，偶然之下秀巧遇到了贺生在部队中的战友……
