第三季讲述石垣医疗财团设立的第二季结尾之后的故事，刻画三年之后进化的石垣医院和医生们的成长。
顺治皇帝福临（邓超 饰）少年在摄政睿亲王多尔衮和母亲孝庄太后（潘虹 饰）的一手扶持下登上皇位，整个少年时期都笼罩在多尔衮专制的阴影下，虽空有一身的抱负理想，却处处受限无法施展。命运被摆布于他人之手的福临在登基八年之际，自己的婚姻甚至也在孝庄皇后一手包办下完成，被迫迎娶了表妹博尔济吉特氏（郝蕾 饰）为皇后。而皇后高傲善妒的性子和年少的皇帝处处冲突，福临本就不喜欢自己的表妹，因此更加冷落了她。机缘巧合的福临认识了才女乌云珠（霍思燕 饰），对其渐生真情却因为自己的轻率而错失心爱之人，误把乌云珠捧手让给了弟弟果郡王博果尔为妻。而后少年皇帝以切磋文墨为由多次召见已是王妃的乌云珠，感情日深的二人终于再也无法脱离这早已身陷泥泞的爱情中，顺治帝力排众议，顶着多方压力迎娶了他的弟妻。但是甜蜜的生活没有持续多久，违背常伦已是让这段感情备受争议，而顺治帝对乌云珠的专宠更是引来了他人的因妒生恨。
驿站附近的乐活山庄，暗中收集情报。女掌柜田津津聪明机警，乐于助人，跑堂田大壮武功高强，琴师朴岛毅见多识广。账房田大娘眼力佳记性好。四人各有秘密，却凑到一起。意气风发的福将军因得罪权贵，被贬中枢驿站。但实际上是来中枢城查一件要案。二人日久生情之际，边关急信丢失，送信差役惨死，彻底搅动了城中风云
警员陈富贵（王喜 饰）天资过人，刚从警察学校毕业就担起了卧底的重任，打入一犯罪集团内部搜刮它的首脑的罪证。犯罪集团追杀马来西亚新进女星梅香琴时，香港警方派出保护证人组保护她，陈富贵在暗中助她脱险时被保护证人组的探员关彦博（魏俊杰 饰）误会，以为他也是匪徒之一，于是大打出手。富贵凭借其机警灵活，摆脱了彦博的追捕。陈富贵完成卧底任务后，被调往保护证人组，与彦博成为拍挡。这群年轻人在保护证人组里一起面对各种艰险的挑战！
Gibbs和他的调查组着手调查一起牵连海军罪案调查处特别探员NickTorres（新常规演员WilmerValderrama）的汽车爆炸案——Nick六个月前在阿根廷执行深度卧底任务时神秘失踪。Gibbs接连拒绝了八名填补DiNozzo职位空缺的人选……其实他早就看上了海军罪案调查处特别探员AlexQuinn（JenniferEsposito），非她不要！DuaneHenry扮演的军情六处特工ClaytonReeves从本季开始成为常规角色。
李尚民（金浩镇 饰）和尹紫英（李泰兰 饰）是大学时代就开始交往的恋人，彼此之间感情一直十分要好，然而某一日，李尚民却突然决定同上司赵闵珠（秋相美 饰）结婚，残忍的抛弃了紫英，此时的紫英腹中已经有了李尚民的骨肉，可是这并没能阻挡李尚民离开她的脚步。 紫英并没有将孩子打掉，而是选择了生下来好好抚养。之后，紫英遇见了成熟稳重的郑英俊（赵敏基 饰），英俊爱上了善良的紫英，可是紫英的过去让两人之间的感情面临了重重的困难和挫折。那边厢，赵闵珠怀孕了，可是她却一直怀疑李尚民和紫英之间还在藕断丝连。一场意外夺走了赵闵珠腹中的孩子，她再也不可能做母亲了。当李尚民得知紫英生下了自己的孩子时，他决定不惜一切手段，将孩子从紫英身边夺走。
