《谁是爸爸》讲述了四个医生因为一个基因突变的新生儿而引发了一系列的情感纠葛，最终有情人终成眷属的故事。全剧围绕“谁是爸爸”这个主题，引出了夫妻之间、恋人之间、母女之间等多条感情线，生活中的情感悬疑，情与义、爱与恨、名与利在剧中表现得淋漓尽致，环环相扣的情节更是牵动人心。本剧由台湾著名导演孙树培执导，张国强、周蜜和崔鹏等人主演，并有刘雪华、寇振海、李颖和温海波等老戏骨倾力加盟。
第三季的故事从“高第街工业品市场”铭牌挂上高第街牌坊开始，街坊们有的早餐店越做越火，有的从事服装生意，有的专卖进口产品，有的开音乐茶室，有的组建乐队，有的赴港探亲……在充满激情的年代，高第街街坊们跟着时代的步伐，每个人都找到自己的新生活。
玛丽索（阿娜·奥缇兹AnaOrtiz饰）的儿子被控告谋杀，为了替儿子洗脱罪名，玛丽索需要大笔的金钱周转。罗斯（丹妮亚·拉米雷兹DaniaRamirez饰）的丈夫英年早逝，留下一个儿子靠罗斯...
李尚民（金浩镇 饰）和尹紫英（李泰兰 饰）是大学时代就开始交往的恋人，彼此之间感情一直十分要好，然而某一日，李尚民却突然决定同上司赵闵珠（秋相美 饰）结婚，残忍的抛弃了紫英，此时的紫英腹中已经有了李尚民的骨肉，可是这并没能阻挡李尚民离开她的脚步。 紫英并没有将孩子打掉，而是选择了生下来好好抚养。之后，紫英遇见了成熟稳重的郑英俊（赵敏基 饰），英俊爱上了善良的紫英，可是紫英的过去让两人之间的感情面临了重重的困难和挫折。那边厢，赵闵珠怀孕了，可是她却一直怀疑李尚民和紫英之间还在藕断丝连。一场意外夺走了赵闵珠腹中的孩子，她再也不可能做母亲了。当李尚民得知紫英生下了自己的孩子时，他决定不惜一切手段，将孩子从紫英身边夺走。
三男三女来到太湖边的小山村插队落户。在那样一个新旧时代交替的年月，和所有年轻人一样，他们迷惘多于理想，思考多于狂热；在精神与物质都极度匮乏的环境中，他们总在探讨未来会是什么样。多年以后，这六个年轻人在如今这个波澜壮阔的时代占据了不同的位置，往事又将他们联系在了一起。故事有了延续，人生有了新的喜怒哀乐和离合悲欢。
陈冬晴（陈美琪 饰）无意间目睹了一宗惊人的谋杀案，之后她神秘地消失了。为了找回爱妻并解开谜团，张伟聪（刘松仁 饰）开始了对于案件真相的追查。 最终，冬晴的尸体被找到，张伟聪怀疑她的死与身边的朋友余敏清（关咏荷 饰）、凌梓峰（张国强 饰）以及他的女友楚方怡（吴咏红 饰）有关。张伟聪推理出最可疑的人是方怡，并计划揭露真相，但方怡出于害怕而自杀了。张伟聪认为此事有可疑之处，相信方怡是被人谋杀，而且梓峰是杀害冬晴的凶手。张伟聪与好友吴华生（林保怡 饰）合力调查冬晴和方怡被谋杀的过程，但却没有确凿的证据将梓峰绳之以法。在调查的过程中，张伟聪还揭示出一个更大的阴谋。
