从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
沃夫冈是个孤儿,来自月球自治城邦首都拉巴斯。父母在他出生不久,便因盖世堡之役阵亡, 抚养他的爷爷,也在距今三年前过世.沃夫冈年幼时,曾在POLA军方服役的爷爷常常讲父亲在盖世堡战役的故事给他听,并将他父亲描述为一个英雄人物。也因为这个缘故, 沃夫冈下定决心要从军报国,并以成为POLA王牌驾驶员为目标。
ある日、双子の兄・小林十から「オレの代わりにテストを受けてくれ」と頼まれた小林愛。断ったものの、十は勝手に愛の制服を着て愛の学校へと登校してしまう。 仕方なく十へと変装して十の学校へ行った愛は、偶然街で出会った真田蒼と再会する。そして十もまた、愛の学校でイジメられていた竹中紫乃に惹かれはじめ、2人は変装した先で同時に恋をすることになるが…?
「思い出して、翅（はね）があったころのことを」 1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。 太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！ 湘南の海に浮かぶ小島、江の島。 美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。 学園には、全国から優秀な子どもが集められ、 最新の機器を使った英才教育が施されていた。 特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、 感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、 謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。 戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。 「想星合体！ GO、アクエリオン！」 繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。 宿命を背負った少年少女は、 得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯する中、 この宇宙の真実と向き合っていくことになる……。 これは、おのれの感情と宇宙の存亡を賭けて紡がれる、壮大な愛の神話。
