これは拝み屋 京極堂がまだ古書店を開く前の物語―― 舞台は戦後間もない昭和23年、東京。 新制高校の二年生に進級した日下部栞奈は、国語の新任講師・中禅寺秋彦と出会う。 栞奈の周囲では、怪異にまつわる奇々怪々な事件が次々と発生。今日もまた、栞奈は助けを求め、仏頂面の中禅寺先生が待つ図書準備室の扉を開けるのだった――。
火星に赴任してきた刑事 ロス・シリバスは到着早々、カントリー歌手のケリー・マッキャノンが殺害される事件に巻き込まれる。そして、その遺体の分析結果からある事実が判明する。殺害されたのは人間ではなく、セカンドの水準を超える非合法の存在サードであったことが判明する。ロスはアミテージと共にこの事件を追うことになる。そして、その先にサードに纏わる事実も徐々にその姿を現す。