1928年6月4日凌晨，日本关东军为了侵占我东三省，指使敢死小分队化装成“东北军”，在奉天三洞桥炸毁了大军阀张作霖的专列，爆发了震惊中外的“皇姑屯事件”。但令日本人万万没有想到的是：这个绝密的行动恰巧被一个中国姑娘连海华看了个一清二楚。连海华不但看见而且还拿到了直接罪证：这次行动的特别命令。为了不让这个目击者泄露出事件真相的秘密，日本关东军最高司令部下了死令：务必尽快将其抓住灭口！这个任务落在被号称为关东军“间谍之花”的樱川丽子的头上。樱川丽子不敢怠慢，立即展开了对连海华的一系列追杀。
1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
战乱中两次机智的应变使胡雪岩得到了左宗棠的赏识，他便顺势依附于左宗棠的笔下。胡雪碉一面为左宗棠筹粮，一面利用过手的官银在上海筹办私人钱庄，继尔又独揽替左宗棠代购洋枪洋炮的生意，并为左宗棠计划在福建创建的马尾造船厂筹集资金，后又首举外债。胡雪岩对左宗棠军务的支持引起了慈禧的注意，御封其为四省税务代理总管，后又御赐黄马褂，封为一品顶戴，成为了中国历史上唯一的红顶商人。从此，胡雪岩凭借其卓越的商业头脑，在全国各地设立了“阜康”钱庄分号，在杭州创立了“胡庆余堂”中药店，其事业已如日中天。为了打破洋商的垄断，他还办起了民族工业缫丝厂，迫使贪婪的英商只好求助于历来与左宗棠为政敌的李鸿章。经过李鸿章幕后谋划，胡雪岩被摘去“红顶”，近3000万两银子的家业也顷刻贻尽，一代商业奇才只剩孑然一身。
三男三女来到太湖边的小山村插队落户。在那样一个新旧时代交替的年月，和所有年轻人一样，他们迷惘多于理想，思考多于狂热；在精神与物质都极度匮乏的环境中，他们总在探讨未来会是什么样。多年以后，这六个年轻人在如今这个波澜壮阔的时代占据了不同的位置，往事又将他们联系在了一起。故事有了延续，人生有了新的喜怒哀乐和离合悲欢。
一次偶然中，室内设计师拉萨（黛薇卡・霍内 Davika Hoorne 饰）遇见了富家花花公子帕卡彭（林柏光 Dome Pakorn Lam 饰），帕卡彭轻浮的行为举止令拉萨十分不齿，之后，拉萨又在工作中同帕卡彭重逢，随着时间的推移，两人虽然表面上吵吵闹闹，但心的距离却越来越近。 然而，就在拉萨觉得自己和帕卡彭打得火热之时，帕卡彭竟然提出了分手，没过多久，便传出了帕卡彭热烈追求总理之女的消息。得知此事的拉萨大受打击，然而她人微言轻，对此无可奈何只能接受。在帕卡彭的内心里依然深爱着拉萨，只是，他有一个不得不完成的任务，有一个不能不报的仇，知道真相的拉萨想要阻止冲动的帕卡彭，然而一切早已经来不及了。
