这个世界里，人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特，在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐，甚至想取他性命。 为了在「奈落」活下去，莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》，结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──！ 之后过了三年，莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们（而且所有人都是等级9999），他以压倒性的力量开始进军地上!!
天宝十二年，不谙世事的英俊少年孔鸿俊，肩负三项重任离开太行山上的曜金宫，来到歌舞升平、锦绣繁华的长安。孔鸿俊初入大唐驱魔司，顶头上司竟是不久前交过手的龙武军将领李景珑。而他竟然失手将陈氏心灯打碎，心灯进入了李景珑的体内。在那盏灯的光影里，有平康里的灯红酒绿、驱魔司夏日阳光下的梧桐、茫茫塞外的漫天风沙与飞雪、阿泰如清泉般的歌声、莫日根与陆许摘下的清晨树叶、裘永思飞扬的笔锋。
日本承办的全球最大体育盛事WSG即将在东京举办开幕式。 为此，融合日本先进技术打造最高时速1000km的「真空超电导磁悬浮」即将通车。往返于新名古屋站至东京新开的芝浜站。 在这个万众瞩目的关头，汇集知名赞助商的酒会现场遇到了突发事件。 知名企业的高官接连遭到绑架。事件背后，是全程监视的赤井秀一，以及等候赤井发令的FBI探员们的身影。 根据柯南的推理，本次事件也许与15年前美国波士顿发生的WSG绑架事件有关，当时也是由FBI管辖。 这真的是偶然吗？在各国游客聚集的日本到底会遇到什么样的事件？ “贯穿日本的子弹”超真空电导磁悬浮启动之时，“危险一家人”终于集结！
故事发生在大名鼎鼎的绫薙学园之中，这里是孕育音乐艺能界新星的温床。在所有学科之中，“音乐学科”位居金字塔的上层，而由三年级顶级生所组成的“华樱会”更是学生们可望不可及的神圣存在，传说，被华樱会的首领凤树（诹访部顺一 配音）所选中的人，将会接收他的“特别指导”，送往无可估量的前途。 初来乍到的新人星谷悠太（花江夏树 配音）、容易害羞怯场的那雪透（小野贤章 配音）、资质优异却容易冲动的月皇海斗（朗斯贝里·亚瑟 配音）、沉默寡言容易被人误解的天花寺翔（细谷佳正 配音）、心地善良外冷内热的空闲愁（前野智昭 配音），他们虽然拥有着无限的潜力，却因为各自的种种而成为了落选者，凤树的出现改变了他们的命运。
正值情窦初开之时的公主，以为自己的心上人是付望舒，却可惜无缘亦无份。而另一边，九皇叔和她虽以叔侄相称却并无血缘关系。皇叔对于她来说，亦师亦友，且两人年龄相差无几，可谓青梅竹马，两小无猜。可孟玉珥一开始却没意识到九皇叔的一往情深，爱他念他也不自知，毕竟辈分不对。
