几个世纪以来，不死人之间的战斗从来没有停止过。这一次，超级强大的不死人凯尔从过去来到了现在，他的强大是其他不死人难以望其项背的，无论柯南还是邓肯，若论单挑都不是他的对手。两个人遭到了拥有各种绝技的恶毒暗杀者的围攻，他俩不仅要在各个时空中穿梭联手抗敌，最后还要其中的一个做出牺牲才能战胜邪恶的力量……
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
母亲的意外丧生让弗兰克（伊利亚·伍德 Elijah Wood 饰）陷入了深深的痛苦之中，虽然母亲生前并非善类，甚至动辄就对弗兰克拳打脚踢，但在弗兰克的心目中，母亲的重要地位没有任何人能够代替。丧母之痛淤积在心中渐渐变质，杀人成为了他唯一的宣泄途径，无数的妙龄少女成为了弗 兰克的刀下冤魂，不仅如此，变态的弗兰克还将她们的头皮剥下来，置于家中欣赏。 一次偶然中，弗兰克结识了摄影师安娜（诺拉·阿娜泽德尔 Nora Arnezeder 饰），对于弗兰克来说，这是第一次也是唯一的一次，他没有将安娜视作猎物，而是一个善良热情的女人。可是，弗兰克内心里的兽性无法压制蠢蠢欲动，伤害安娜似乎成为了无法避免的结果。
退伍军人李长江被两名抢劫的战友连累入狱，他受尽警察毛向阳毒打后被判处死刑，临刑当口，长江用父亲给他的锯片侥幸逃脱……长江找到人蛇集团偷渡到香港，于路结识了鸡心、阿满，阿满姑娘的善良深深打动了长江。因香港的亲戚拒绝接收长江，他只能在工地为人蛇集团头目良哥工作还账，期间长江听说阿满被卖为妓女，日夜思索搭救方法，长江孤身力拼皮条
