谁都无法想到，外表美丽可爱的安秀智（金荷娜 饰）竟是一名有着六年工作经验的资深情报人员。鉴于职业的敏感性，连秀智的男朋友李在俊（姜志焕 饰）也不知道女友的真实身份，也因此两人误会丛生。即使在俊即将前往俄罗斯留学之际，秀智依旧为抓捕罪犯无暇他顾，两人的恋情就此定格。 三年时光转瞬即逝，从俄罗斯学成归国的在俊如今是一名国际会计师，而他的真实身份竟也是一名情报人员。刚刚入行不久的他纰漏不断，此时他奉命回国调查某俄罗斯黑帮分子。因缘巧合，他邂逅伪装成清洁工的秀智。两人不知道对方的身份，更不知道他们执行的是同一桩任务……
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
火、水、风、土、和空气，生命五种核心元素曾经注入在一本书--命运之书。黑暗笼罩了大地，需要借助笔和书的力量，但这本书却失踪了，人们以为它永远消失了，但数百年后却又再度出现……
