香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
陈峰自小品学兼优，无论在面对任何人生关都保持最佳状态迎战。峰在外界眼中是人生的大赢家; 他事业有成，也继承家族所留下的家业，更与大学时期所结识的女友，苏婉怡建立起美满的家庭。直到有一天，怡的家中发生了一宗迷离命案，在案发现场的怡，因脑部受到撞击，深度昏迷，而这宗命案最重要的线索更被怡目睹一切。一向人生顺风顺水的峰，发现自己完美的人生不再完美，两夫妻的关系也慢慢开始改写。 在怡昏迷的期间，峰在工作上结识了非常合拍的下属，江紫珊，开始与珊日久深情，展开了地下情。此时，峰也开始发现自己对怡原有的感情已有了变数，开始对怡的病情不闻不问，令怡的学弟兼见习督察，纪杰轩起疑。轩发现峰曾在七年前所发生的命案录了假口供，开始暗中调查峰并决定为怡的至亲翻案。 当峰决定与珊移民到国外过二人世界时，收到怡终于从昏睡中苏醒的通知，发现怡已失去所有记忆。峰在此时决定暂时放下与珊之间的感情，回到怡的身边照顾她。怡在恢复记忆的期间，慢慢发现峰原来隐藏着许多不可告人的秘密，两夫妻开始了互相猜疑，各怀鬼胎的关系。在婚姻上缺乏安全感的怡，决定向轩求助。怡在轩的帮助下，开始记起当年命案的重要线索，而当年在案发现场除了怡，她还看到了自己最熟悉的背影，而自己对峰... 另一方，峰也对怡... 此时，陈家发生了命案。难道这两夫妻真的相见不如不见，谁是真凶？是他、是她、还是他们？
陈冬晴（陈美琪 饰）无意间目睹了一宗惊人的谋杀案，之后她神秘地消失了。为了找回爱妻并解开谜团，张伟聪（刘松仁 饰）开始了对于案件真相的追查。 最终，冬晴的尸体被找到，张伟聪怀疑她的死与身边的朋友余敏清（关咏荷 饰）、凌梓峰（张国强 饰）以及他的女友楚方怡（吴咏红 饰）有关。张伟聪推理出最可疑的人是方怡，并计划揭露真相，但方怡出于害怕而自杀了。张伟聪认为此事有可疑之处，相信方怡是被人谋杀，而且梓峰是杀害冬晴的凶手。张伟聪与好友吴华生（林保怡 饰）合力调查冬晴和方怡被谋杀的过程，但却没有确凿的证据将梓峰绳之以法。在调查的过程中，张伟聪还揭示出一个更大的阴谋。
该剧讲述1938年秋，军统特工慕容秋、雀山城团长宋鹏程、新四军战地医生叶百合三个人在战争中的爱恨纠缠。
内详
保险经纪阿威（秦沛 饰）早年妻子离世，与独生女儿阿怡（杨千嬅 饰）相依为命。阿威的妹妹阿美（苑琼丹 饰）屡次婚姻失败，因此威对女儿即将从国外带回来的男友分外留心。当他发现女儿的男友是好色之徒的时候，阿怡却不相信，父女大吵一架。 此时阿威工作上的拍档陈有充（张家辉 饰）迫于无奈介入了这对父女之间的矛盾中，阿充怎么也没想到会与阿怡日久生情，加上阿充因为工作表现突出，被调到了阿威工作上死对头的那组，阿威生气之极，极力想拆散阿怡与阿充的感情，笑料百出。 两情相悦的阿怡与阿充还是排除了万难，结为夫妻。不习惯女儿已经出嫁的阿威，过分关注夫妻两的生活，使他们倍感困扰。后来二人的感情更受到了更重大的挑战……
