故事发生在西汉初年，成就一世功业的汉高祖刘邦驾崩，虽然生前平定了韩信、彭越、英布等开国功臣的叛乱，却无法阻止皇后吕雉（刘雪华 饰）的专权。在这个强势女人的阴影下，刘氏宗族惨遭屠戮，锦衣卫首领刘宣（赵文卓 饰）被迫充当吕氏鹰犬，对同族亲眷痛下杀手。他和兄长刘湘（孙岩 饰）共同喜欢吕后的侄女琴子（高圆圆 饰），这段复杂的感情无疑成为兄弟俩矛盾的根源。偶然机缘，刘宣结识了名医淳于意那个调皮顽劣却纯真可爱的女儿缇萦（贾静雯 饰），故事又朝着未知的方向发展。 乱世初定，汹涌的权力斗争中，爱恋的男女随波逐流……
大陆改革开放初期，优先发展的广东一带是内陆许多省市年轻人眼中的天堂，北方某省名叫赵家坳的小山村就有赵小云（陈小艺）、志强等六名青年男女怀着梦想来到广东，他们希望通过打工改变自己的命运。其时纺织、玩具制造等产业是广东的发展支柱，心细手快的打工妹远比笨手拙脚的打工仔吃香，赵小云等几个姑娘很快进入某厂成为“外来妹”，志强等几个男孩则被拒之门外。 外面的世界很精彩，外面的世界很无奈。漫漫打工路令几个情如姐妹的姑娘做出不同的人生抉择：有的经不起金钱考验，走上不归路；有的与当地人结婚，留在了广东；有的感慨金窝银窝好不过自己的狗窝，又回赵家坳……其中故事最为精彩的，当属赵小云：事业上经过波折有很大成就令人感叹，她与香港老板（汤镇宗）的情感纠葛亦扣人心弦。
顺治皇帝福临（邓超 饰）少年在摄政睿亲王多尔衮和母亲孝庄太后（潘虹 饰）的一手扶持下登上皇位，整个少年时期都笼罩在多尔衮专制的阴影下，虽空有一身的抱负理想，却处处受限无法施展。命运被摆布于他人之手的福临在登基八年之际，自己的婚姻甚至也在孝庄皇后一手包办下完成，被迫迎娶了表妹博尔济吉特氏（郝蕾 饰）为皇后。而皇后高傲善妒的性子和年少的皇帝处处冲突，福临本就不喜欢自己的表妹，因此更加冷落了她。机缘巧合的福临认识了才女乌云珠（霍思燕 饰），对其渐生真情却因为自己的轻率而错失心爱之人，误把乌云珠捧手让给了弟弟果郡王博果尔为妻。而后少年皇帝以切磋文墨为由多次召见已是王妃的乌云珠，感情日深的二人终于再也无法脱离这早已身陷泥泞的爱情中，顺治帝力排众议，顶着多方压力迎娶了他的弟妻。但是甜蜜的生活没有持续多久，违背常伦已是让这段感情备受争议，而顺治帝对乌云珠的专宠更是引来了他人的因妒生恨。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
