1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
沈思晨（叶璇 饰）是一个奋发向上的预备律师，却因为一件小事导致无法在法律界立足。得到师傅介绍进入保险业大公司MIG工作，与同事韩志坚（黄浩然 饰）擦出爱火花，好胜的她也凭借自己的努力证明给上司余紫珊（张文慈 饰）看自己的实力。这时大老板程万豪（谢贤 饰）的大儿子程乐天从美国回来，对思晨一见钟情。韩志坚为了自己的前途，放弃思晨。伤心的思晨投入了乐天的怀抱，直至知道自己原来是程万豪的私生女，唯有与乐天分手。 韩志坚无穷的欲望开始爆发，与程乐儿结婚并夺取MIG的控制权，更嫁祸给拍档毕城辉，让他替自己背黑锅。此事被乐天发现后，韩志坚更不惜杀人灭口。程万豪被连串打击弄至中风，韩志坚的势头无法可挡，坚韧的思晨决定为父亲报仇，从志坚手中夺回失去的一切，无论是MIG，还是正义和公道。
With Lidsay and Bobby's help, Jimmy defends his personal friend, dentist Henry Olson, when he is tried for murdering a woman who was fount dead in his chair. Hostile ADA Richard Bay tries to prove the two were having an affair, when in fact their relationship was a lot more complicated than he could possibly imagine. Meanwhile, decapitator George Vogleman returns, asking for Ellenor's help when his co-op serves him with a eviction notice.
倪婕（郑惠玉 饰）和齐欣（林梅娇 饰）是职业自由搏击选手，在一场比赛中，两人正在为了争夺最后的冠军而进行着激烈的角逐。就在这个节骨眼上，齐欣母亲的不幸去世令齐欣失去了斗志，比赛被迫中断，此时的齐欣并不知道，造成母亲死亡的罪魁祸首，竟然就是倪婕的母亲美英。 悲痛的齐欣决定惩奸除恶，做一名警察。机缘巧合之下，她和倪婕再度成为了同事。与此同时，近日来接连发生的女匪打劫事件让市民们陷入了恐慌，两名弱女子对抗强大的黑恶势力，她们有获胜的可能吗？齐欣终于知道了关于母亲之死的真相，愤怒和悲伤中，她决定绝不轻易原谅倪婕和美英。
在第二季中，故事继续双线并进。在1945年的大阪，善慈被迫在二战期间为家人的生存做出危险的决定。而在1989年的东京，白所罗门从头探索全新的开始。
