凯丝（薇诺娜·瑞德饰）和她的男友来到了红杉林中的一间偏远小屋，发现那里已经有一对年轻夫妇入住，很明显，这间小屋已经被预定了。由于无处可去，他们决定与这些陌生人共享小屋。当她的男友和这个年轻的女人神秘...
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
从小跟从父亲学习剑道的矢田部，在一次训练过程中致父亲重伤不治，从此意志消沉，沉迷酒色。极具天赋的高中生羽田机缘巧合跟随僧侣剑道大师光邑习武，并受其所托将一封信转交给矢田部。矢田部借机大闹剑道部，包括羽田在内的学员集体溃败。矢田部无法面对已变成植物人的父亲，整日沉溺在童年阴影和错杀父亲的愧疚中。一个雷雨交加的夜里，羽田在矢田部的必经之路上向他发起挑战，并坦言自己曾经因为溺水而留下心理阴影，希望能和内心同样痛苦的前辈一较高下，矢田部恍惚中重伤羽田。矢田部的父亲病逝，葬礼上矢田部仪态尽失，在光邑大师的安抚下，读了父亲写给大师的一封信，其中声明自己在丧妻之后一蹶不振，和儿子之间已生罅隙，自己一心求死，想命丧儿子剑下，但希望光邑培养儿子成材。重整旗鼓的矢田部终于将要迎来和羽田一场正式的比赛。 影片改编自芥川赏作家藤泽周同名小说。
