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　　27年前，孟买陷入毒品泛滥的境况。毒贩哈里不仅嫁祸纵火杀死了17名博里瓦里警察，还导致警察的声誉一落千丈。为了重振警界形象，中央政府派遣了阿迪亚（拉吉尼坎塔 Rajinikanth 饰）作为孟买的警察专员。阿迪亚上任后，通过强硬手段整顿警察队伍，严厉打击黑恶势力和贩卖妇女儿童的行为。阿迪亚巧妙安排让泰国警方逮捕了毒贩维诺德的儿子，并迫使毒贩杀死了自己的儿子。
　　实际上，被杀的儿子并非维诺德的亲生子，而是毒贩哈里的儿子。因此，哈里开始报复并杀害了维诺德，同时撞车致使阿迪亚的女儿瓦丽死亡。阿迪亚找不到报复的对象，陷入疯狂状态，开始杀害多人。人权署官员向上级报告，法官建议解除阿迪亚的警察专员职务。然而，阿迪亚向法官证明他的行为符合警察职业的规范，并得到了认可。

　　1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。
　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。
　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。
　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。
　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。
　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。

神奇先生（佩德罗·帕斯卡饰）、隐形女（凡妮莎·柯比饰）、霹雳火（约瑟夫·奎恩饰）和石头人（爱波·莫斯-巴克拉赫饰）。面对来自宇宙级威胁“行星吞噬者”（拉尔夫·伊内森饰）及其使者“银影侠”（朱...