故事背景设定在一个名为西弗敦的小镇，在同一天中，史无前例的多个龙卷同时席卷这个小镇，在这些难以预测且极度致命的龙卷风群袭击下，整个小镇面临灭顶之灾。但专门研究龙卷风的追风人预测，更糟糕的情况还尚未真正到来。大多数居民都在紧迫寻找避难所，而这些追风者们却“逆向而行”赶到龙卷漩涡前，测试需要走多远才能拍到这千载难逢的极端时刻。
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
九十年代初期，一场离奇的爆炸让正在从事军事研究的化学工厂化为废墟，三名“军事试验品”从实验室中逃离，下落不明。因为这三名实验品是极度危险的不安定份子，于是中共中央派出了人造人聂玲（杨丽菁 饰）追查他们的下落。 传闻香港屡屡发生抢劫案，犯案的是三名神秘人，和失踪的三个实验品有着极高的相似，于是，聂玲来到了香港，开始她的围剿行动。香港方面，警方派出了尹秋水（万梓良 饰）加入了围剿行动。在一次交锋中，尹秋水为了救名叫小雪（朱茵 饰）的女孩而被聂玲的失忆枪打中，之后，聂玲又被尹秋水误伤。
富商之子仓持真知寿（吉岡澪皇饰）从少年时代便痴迷绘画，随着父亲企业的破产，父母相继自杀，真知寿的童年也变得一片黯淡。即便如此，他也从未放弃成为画家的梦想。时光流转，转眼长成青年的真知寿（柳忧怜饰）自顾自徜徉在艺术的世界中。为了提高技艺，他就读艺术学校，遇到一班志同道合的好朋友，和他们经历了喜怒哀乐、悲欢离合。他经常往返于画廊，而作品却迟迟得不到赏识，唯有同在印刷厂打工的少女幸子（麻生久美子饰）真切理解真知寿的艺术。人过中年，真知寿（北野武饰）依旧默默无闻，但即使生活怎样清贫，他的妻子幸子（樋口可南子饰）始终与其相伴，相互搀扶继续着这条充满磨难的艺术之路……本片荣获2009年保加利亚索非亚国际电影节观众大奖。
爱丽丝（米拉·乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）重回在东京，向安布雷拉公司复仇。后者潜藏在地球的底部，威斯克（肖恩·罗伯茨 Shawn Roberts 饰）执行着自以为是的安 全技术标准。爱丽丝闯入了禁区，直捣黄龙。而威斯克竟然不惜毁灭城市做困兽斗。最终，当他驾驶着直升机逃离时，却被爱丽丝胁迫，情急之下，他向爱丽丝身上注入了具有对T细胞的免疫病毒，令她丧失了超能力，只能驾机飞翔荒无人烟的阿拉斯加。地球上已经177天没有生命迹象。然而，爱丽丝却意外发现了克莱尔（艾丽·拉特 Ali Larter 饰）。她们循着阿卡迪亚信号，回到了地狱之城，满眼的僵尸令人触目惊心。迎接她们的是同样听到信号的幸存者。在神秘犯人克里斯（文特沃斯·米勒 Wentworth Miller 饰）的帮助下，她们向阿卡迪亚之船进发……
