夜幕降临，某集团大厦内发生入侵事件，机动部队幽灵小组在丹尼尔·莱特（杰森·康纳利JasonConnery饰）的率领下潜入大厦，与犯罪分子展开激烈的交火。行动中，丹尼尔遭到拥有蛇皮的仇家袭击，大厦最终被炸得粉碎。原来袭击者名叫爱德华（DanielGoddard饰），是丹尼尔妻子安的弟弟。为了拯救被全身烧伤的姐姐，爱德华一直致力于干细胞皮肤再造的研究，实验眼看就要取得成果，结果却被政客切断资金，该事件也导致安不幸丧命。侥幸捡回一条命的丹尼尔被送入医院紧急接受治疗，但是爱德华并未打算饶了他，反而率领手下追踪至此。令这个丧心病狂的恶魔想不到的是，他无意中将丹尼尔变成了拥有超人能力的光速侠……
逃过摄魂怪的追杀，通过魔法部的审查，哈利（丹尼尔·雷德克里夫）终于回到美丽的霍格沃兹。然而这个学期并不轻松，他不仅要完成魔法等级考试，还要应对夜晚的噩梦和黑魔法防御课老师乌姆里奇的打压。在好友的支持下，哈利秘密组建了邓不利多军团，与大家一起练习黑魔法防御术。噩梦中，哈利总是以伏地魔的视角出现，似乎他们之间有着某种神秘的联系。在邓不利多（迈克尔·刚本）的指示下，哈利向斯内普教授（阿伦·瑞克曼）学习封闭术，却鲜有成效。终于在一次噩梦的诱使下，哈利偏执的赶往魔法部营救小天狼星，却不想陷入伏地魔的圈套，引发凤凰社与食死徒之间的正面冲突。在混战中，小天狼星（加里·奥德曼）不幸遇难。究竟哈利与伏地魔（拉尔夫·费因斯）之间有着怎样的联系？在悲恸中，邓不利多为哈利揭开谜底，哈利还有更长、更艰难的路要走……
