这是一次对战争和偏见的生动描写，本片以偷袭珍珠港为历史背景，带你走进被遗忘的二战英雄——日裔美国人们的内心。
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
承接《潜行狙击》电视剧结局，梁笑棠Laughing（谢天华饰）谋杀苏星柏（黄宗泽饰）罪名成立，判处无期徒刑；梁笑棠在狱中结识大学教授霍天任（吴镇宇饰），教授外表斯文，与世无争，但却能以心理陷阱收服穷凶极恶的 “巨川”（林雪饰）。其实教授是高智商的犯罪心理学家，擅用冷读法，可以洞悉对方心理活动和秘密，于无声中掌控他人。 神秘女子（文咏珊饰）到狱中探望梁笑棠，其隶属比警队更高层次的保安局，原来，梁笑棠入狱是再次担当卧底角色。当日，杀苏星柏是另有其人，保安局副局长（麦长青饰）怀疑整件事跟潜藏警队中的黑警团伙有关，所以借势令梁笑棠入狱展开调查。 梁笑棠亦步亦趋主动接触狱中目标人物前毒品调查科警长“大切”（杜汶泽饰）在将要取得进展时，发现教授亦同时以心理治疗法，令“大切”多次精神错乱，直至向“大切”发出了死亡暗示。 一场敌友难分、正义与邪恶的生死对决在实力极不均衡的态势下火爆展开了。
在小镇居民的心目中，由史蒂夫（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和凯特（黛咪·摩尔 Demi Moore 饰）组成的琼斯家堪称模范家庭的典范。史蒂夫温文尔雅，做着一份收入颇丰的工作，却还有足够的时间来满足自己的兴趣；凯特漂亮端庄，无论是穿着还是行为，无疑都引领着整个小镇的时尚。每个人都希望能够成为琼斯先生和琼斯太太，每个人又都绝望的发现，无论自己如何的向他们靠拢，都永远无法赶上他们奔向幸福的脚步。 然而，对于史蒂夫和凯特来说，生活又是另一番模样，关于这个家庭的秘密让两人永远都无法心安理得的享受生活的美好，同时，充沛的物质条件无法弥补情感上的苍白裂缝，这个外人眼中的模范家庭已然濒临崩溃。
