兰若

　　位于亚利桑那州的平静小镇山默顿，曾在洛杉矶缉毒组供职的警长雷·欧文斯（阿诺·施瓦辛格 Arnold Schwarzenegger 饰）尽职尽责维护当地的治安。这一日，数名不速之客造访小镇，更有一名农夫遭人谋杀。与此同时，在另一边的拉斯维加斯，FBI探员约翰·班尼斯特（福里斯特·惠特克 Forest Whitaker 饰）正在押运臭名昭著的大毒枭加布里尔·科尔特兹（爱德华多·诺列加 Eduardo Noriega 饰）。谁知科尔特兹半路被人救出，其本人在劫持一名女探员后驾驶经过改装的跑车飞速逃离，趁夜朝着位于墨西哥边境的山默顿逼近。
　　小镇的宁静生活被彻底打破，欧文斯警长即将经历充满枪火与杀戮的混乱一天……

　　1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。
　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。
　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。
　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。
　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。
　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。

　　波士顿，一位深受爱戴的牧师神秘被杀，子弹交错穿过脑壳，死相极为惨烈，传言处刑人所为。负责此案的依旧是警察格林利、达菲和多利，但他们对此一筹莫展。幸有智慧性感的FBI特工尤妮斯・布鲁姆（朱莉·本茨 Julie Benz 饰）破解了处刑人的杀人手法。因10年前波士顿血案，异卵双生兄弟康纳（肖恩·派特里克·弗兰纳里 Sean Patrick Flanery 饰）和墨菲（诺曼·瑞杜斯 Norman Reedus 饰），随领袖父亲诺亚（比利·康诺利 Billy Connolly 饰）隐居在爱尔兰的乡村。此案一出，两兄弟削发明志，重新出山。期间，他们收服了墨西哥人罗密欧（小克利夫顿·克林斯 Clifton Collins Jr. 饰）。后者凭借机灵的头脑、出众的拳脚，战胜了人高马大的对手。虽然将对手置于死地有些残酷，但是兄弟俩觉得对味，并设计拉他入伙。这组搭档与美女特工都踏上征讨处刑人的危险之旅……