故事发生在1990年，美国一名汽车修理工约翰·格雷（大卫·丹席克 David Dencik 饰）因涉嫌猥亵自己的女儿安吉拉（艾玛·沃森 Emma Watson 饰）而遭到逮捕。负责调查此案的警官布鲁斯·肯纳（伊桑·霍克 Ethan Hawke 饰）对约翰展开问询，而在这一过程中约翰起先承认罪行，随后又突然失忆。为了应对这一突发状况，心理学教授肯尼斯·睿恩斯博士（大卫·休里斯 David Thewlis 饰）也介入调查之中。他们发现，约翰信奉崇拜魔鬼撒旦的黑宗教，甚至布鲁斯的搭档都有可能参与其中。布鲁斯和肯尼斯想方设法要打开嫌疑人和受害者的记忆闸门，让他们想起最不堪回首的一段往事…… 本片根据真实事件改编。
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
肖恩经营着一家纽约广告公司，欧文则是一位小镇杂工兼音乐家，两人在假期期间互换住所。肖恩的助手米娅帮助欧文安顿好新公寓；而欧文派来修理坏掉的暖气的瑞恩则帮助肖恩体验小镇生活的魅力。欧文在大城市里格格不入，他试图与住在公寓楼里的哈罗调情，哈罗是一位胸怀大志的模特/演员/歌手。一天晚上，米娅带欧文在镇上逛了一圈后，哈罗看到他穿着从肖恩衣橱里借来的衣服走进电梯。哈罗觉得欧文很有钱，便也对他调情，并安排了一次约会。然而，米娅警告欧文，她只是因为他住在肖恩的公寓里，穿着肖恩的衣服，所以才认为他有钱。在约会当天，欧文终于意识到了自己的真实身份，以及他真正想要的生活。与此同时，肖恩爱上了当地的兽医，而这位兽医恰好隐藏着一个大秘密——实际上是两个……
