九十年代初期，一场离奇的爆炸让正在从事军事研究的化学工厂化为废墟，三名“军事试验品”从实验室中逃离，下落不明。因为这三名实验品是极度危险的不安定份子，于是中共中央派出了人造人聂玲（杨丽菁 饰）追查他们的下落。 传闻香港屡屡发生抢劫案，犯案的是三名神秘人，和失踪的三个实验品有着极高的相似，于是，聂玲来到了香港，开始她的围剿行动。香港方面，警方派出了尹秋水（万梓良 饰）加入了围剿行动。在一次交锋中，尹秋水为了救名叫小雪（朱茵 饰）的女孩而被聂玲的失忆枪打中，之后，聂玲又被尹秋水误伤。
17世纪的关原之战，德川家族一统天下已成大势所趋，但是丰臣氏依然存有较强的实力。此后的日子里，双方的忍者集团爆发连番对决，平静的表象下战况激烈。在两大家族之外，始终宣称保持中立的真田家则成为整盘棋的关键。某日，隶属真田家的猿飞佐助（高橋幸治 饰）遇见浪人稻村光秋（戸浦六宏 饰），从稻村口中得知，德川家两大忍者头目之一的郡山带刀（岡田英次 饰）叛逃，并有可能投靠丰臣氏。为免军情泄漏，战局发生变化，德川发布了针对郡山的诛杀令。与此同时，丰臣也派出密探接应郡山。佐助准备通过的诹访城即将成为影响战局的重要战场…… 本片根据中田耕治的原作改编。
