1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
毛毛和爱画画的丫丫在省城经营一间小店，维持生计和学费。房租猛涨，两人为钱发愁。丫丫发现通缉令上的赏金很高。她突然发现嫌犯，情急之下举起附近花店的花瓶砸下去，结果弄错了。要负担被砸的肖志文的医药费，还得赔偿花店损失。两人雪上加霜。丫丫再次发现嫌犯，为了谨慎，她们请肖志文帮助侦察。通缉犯终于落网。姐俩得知他是因为老婆死于在...
一个男人（浅野忠信饰）因无法忍受妻子（橋本麗香饰），处心积虑将其“杀害”后抛于荒野，可是每次回到家后，妻子都像没事人一样待着。 催眠师（阿部寛饰）和CM广告设计师洋子（小泉今日子饰）是一对恋人，洋子的设计灵感常常前卫得让人难以理解，虽然常常被男友打趣，她还是走自己的路。 催眠师在一次公开表演时，从观众中挑选中年上班族小林（岸部一徳饰）为催眠对象，成功地使其认为自己是鸟，不料高潮时刻，突然跑出一名杀手（Vinnie Jones饰），解咒的催眠师被杀，小林从此活在潜意识里。 上天的安排，将原本无甚关联的人和事串在了一起……
银行小职员阿维德（Dejan Cukic 饰）的生活实在不顺，在家中与同居女友汉娜（Trine Dyrholm 饰）的关系搞得一团糟，在银行又因拒绝贷款而被客户指着鼻子骂。某天，他用网球拍打倒了银行抢劫犯弗兰兹（Peter Gantzler 饰），但这个英雄壮举并未给他带来什么好处。他回家发现汉娜带着所有家具离家出走，接着又被自称弗兰兹妻子的爱丝崔德（Line Kruse 饰）所打。从爱丝崔德口中得知，弗兰兹之所以急需用钱是希望为妻子做体外受精手术。 深感内疚的阿维德找到他的罪犯哥哥哈罗德（Kim Bodnia 饰），哥俩策划抢劫银行的运钞车，然而事情的发展却出乎他们意料……
