15 岁的 Lera Arabova 和她的家人住在符拉迪沃斯托克市。莱拉的父亲已经在“米拉”空间站工作多年。他很久之前便与女儿失去了联系，现在只是手机里的一个声音。在这座城市被彗星的碎片夷为平地之后，莱拉只有一次机会将她的亲人和整个符拉迪沃斯托克从另一场灾难中拯救出来。Lera 的父亲从空中监视她的一举一动，通过卫星系统和电话引导她完成这场艰巨的救援行动。
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
李（凯特·玛拉 Kate Mara 饰）是一名出色的企业问题分析解决专家，专门四处奔波，被陷入了困境的大企业出谋划策。某一日，她接受了一个极度机密的任务，被带到了一个无人知晓的神秘研究室，在那里，关着她需要解决的“问题”，然而，让李没有想到的是，这个人人谈之而色变的难题，竟然是一个叫摩根（安雅·泰勒·乔伊 Anya Taylor-Joy 饰）年轻女孩。 摩根虽然看似普通，但实际上却是生物工程学所研究出的杰出作品，她没有父亲，没有母亲，是由单纯的DNA进化而来。摩根拥有着极为敏捷的行动，异常聪慧的头脑，相当惊人的生长速度，这一切让科学家们很快就感受到了强大的威胁。
京城首富之女阿宝（杨馥羽 饰）陷入了一种被称为“离魂之症”的昏睡状态，无法醒来。萧九和小花妖偶然发现，阿宝并非真的离体，而是受到邪魅力量的干扰。为了解救她，他们决定揭榜治疗。萧九运用入梦神机发现，阿宝的魂魄被法术困住在一个梦境中，而梦中的书生看起来并无特异之处，似乎是个普通人。 在唤醒阿宝的过程中，意外地引来了更大的麻烦。曾多次从萧九手中逃脱的蜂后突然现身，并卷入到了阿宝的事情中。与此同时，那位看似柔弱的书生似乎隐藏着某种秘密，而主动现身的蜂后也似乎有着不为人知的阴谋。奇门法师萧九和他的捉妖之路逐渐变得难以控制，面临着越来越多的未知和挑战。
