1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
拥有四万公顷山林和土地、价值七百亿日元的82岁老妇人柳川敏子被三个胆大妄为的年轻人诱拐、劫持。三人提出老人的赎身价为五千万日元，柳川敏子勃然大怒：“痛痛快快要一百亿好了，也免得给后代们丢脸。”不知所措的年轻人反而央求柳川把数额减少一些，决不让步的柳川则开始信心十足地指挥起这场“诱拐战”。警察局长井狩要求通过电视现场直播让柳川与家人见面，以确认其是否安全。柳川则巧妙地指挥电视转播车开到隔谷相见的山间，通过电视指示家人将山林和土地变卖筹款。一百亿日元装上了直升机，柳川又声东击西甩开警察，指挥飞机将钱运到了指定的地点。安全回到家中的柳川内心所感慨的其实是：当自己死后，财产的70%将作为继承税被国家白白掠去，而被拐走一百亿就可以使一百亿财产不被征税。这也就是她利用被诱拐的机会假戏真做的真正原因。
