女主周晓丽小时候偶然短暫来到了幸福岛，在这里遇到了一个小男孩（男主李小洲小时候），小男孩的温暖和分享让她对面包和小岛念念不忘。长大后的女主因为不幸的婚姻生活意志消沉，在她最无望的时候她意外又回到了记忆中的那个温暖的地方，并与男主相遇相认...
经受住了在贾布罗的保卫战的地球联邦军顺势而为，为了攻占吉翁地球进攻军的根据地敖德萨，展开了大反抗作战。阿姆罗他们乘坐的白色基地为了接收作战前的最后补给向贝尔法斯特航行。在这样的情况下，白色基地被下达...
九十年代初期，一场离奇的爆炸让正在从事军事研究的化学工厂化为废墟，三名“军事试验品”从实验室中逃离，下落不明。因为这三名实验品是极度危险的不安定份子，于是中共中央派出了人造人聂玲（杨丽菁 饰）追查他们的下落。 传闻香港屡屡发生抢劫案，犯案的是三名神秘人，和失踪的三个实验品有着极高的相似，于是，聂玲来到了香港，开始她的围剿行动。香港方面，警方派出了尹秋水（万梓良 饰）加入了围剿行动。在一次交锋中，尹秋水为了救名叫小雪（朱茵 饰）的女孩而被聂玲的失忆枪打中，之后，聂玲又被尹秋水误伤。
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
驻南美某国日本大使馆，大使黛竹千代（松本幸四郎 饰）为人冷酷严厉，奢华无度，他利用职权之便大肆敛财，引得当地民众怨声载道。适值外务大臣即将来访的重要时刻，作为参事的川北健（及川光博 饰）不愿再涉足泥潭，准备召开媒体恳谈会将大使的罪行公布于众，他也由此引来杀身之祸。与此同时，刚巧来南美洲度假的古畑任三郎（田村正和 饰）因护照被猴子偷走而被迫滞留，所幸遇到了无处不在的花田（八岛智人 饰）而暂得栖身之地。不久之后，绑架川北的勒索信函送至，但是这封疑点重重的勒索信马上便引起古畑刑警的怀疑…… 本片为《古畑任三郎》系列第五部SP。
内详
