一个男人（浅野忠信饰）因无法忍受妻子（橋本麗香饰），处心积虑将其“杀害”后抛于荒野，可是每次回到家后，妻子都像没事人一样待着。 催眠师（阿部寛饰）和CM广告设计师洋子（小泉今日子饰）是一对恋人，洋子的设计灵感常常前卫得让人难以理解，虽然常常被男友打趣，她还是走自己的路。 催眠师在一次公开表演时，从观众中挑选中年上班族小林（岸部一徳饰）为催眠对象，成功地使其认为自己是鸟，不料高潮时刻，突然跑出一名杀手（Vinnie Jones饰），解咒的催眠师被杀，小林从此活在潜意识里。 上天的安排，将原本无甚关联的人和事串在了一起……
承接《潜行狙击》电视剧结局，梁笑棠Laughing（谢天华饰）谋杀苏星柏（黄宗泽饰）罪名成立，判处无期徒刑；梁笑棠在狱中结识大学教授霍天任（吴镇宇饰），教授外表斯文，与世无争，但却能以心理陷阱收服穷凶极恶的 “巨川”（林雪饰）。其实教授是高智商的犯罪心理学家，擅用冷读法，可以洞悉对方心理活动和秘密，于无声中掌控他人。 神秘女子（文咏珊饰）到狱中探望梁笑棠，其隶属比警队更高层次的保安局，原来，梁笑棠入狱是再次担当卧底角色。当日，杀苏星柏是另有其人，保安局副局长（麦长青饰）怀疑整件事跟潜藏警队中的黑警团伙有关，所以借势令梁笑棠入狱展开调查。 梁笑棠亦步亦趋主动接触狱中目标人物前毒品调查科警长“大切”（杜汶泽饰）在将要取得进展时，发现教授亦同时以心理治疗法，令“大切”多次精神错乱，直至向“大切”发出了死亡暗示。 一场敌友难分、正义与邪恶的生死对决在实力极不均衡的态势下火爆展开了。
国际缉毒组织通知我国，藏有大量毒品的“天狮”号货轮将在我国港口装货。与此同时，我公安部门获悉，有人要杀掉正准备入境的女华侨林育儿，而林育儿正是“天狮”号的船主。为了摸清情况，李政被派往澳门调查。在澳门警长周志方等的配合下，李政发现有两派黑社会势力对“天狮”号都感兴趣。原来，船上的毒品是天宏公司董事长简鹰良所藏。林育儿的父亲10年前被简杀害，为报杀父之仇，林育儿不惜重金收买，甚至以身相许，企图利用高约翰来达此目的，由此引起了一场大厮杀，结果两败俱伤，林育儿死里逃生。但她仍不甘心，继续跟踪“天狮”号到内地。此时，李政早已化装登船，并故意放林育儿上船。“天狮”号船上的李子龙，乃林育儿童年好友，后替简鹰良贩运毒品，成了简的看家狗。在澳门，简鹰良唯恐林、李旧情复萌，泄露贩毒计划，曾派人准备伺机干掉林育儿。林育儿试图通过李子龙弄清毒品的下落，并希望他反戈一击。然而，李子龙已认贼作父，旧情不能使他良心复苏，他拒绝了林育儿，并反过来欲加害于她。林育儿处于十分危险的境地。幸得李政暗中保护，才使她一次次脱险，并巧妙地得到了轮船秘密舱的图纸。李政看了图纸后，对“天狮”号进行了一次突击搜查，结果一无所获，李政带公安人员撤离了“天狮”号。林育儿邀李政在酒吧见面，正遇一酒吧小姐推一车牛肉从身旁经过，这使李政脑海里顿时闪现出“天狮”号船舱中那一堆鲜红的牛肉……快速驶向公海的“天狮”号上，李子龙正暗自庆幸，李政驾边防快艇冲向“天狮”号，强令其停船接受检查。冻牛肉被劈开，毒品暴露。贩毒分子作垂死挣扎，企图炸船消赃。一场激烈的枪战之后，李政和战友们终于将简鹰良、李子龙等擒获，押送澳门法庭受审。
驻南美某国日本大使馆，大使黛竹千代（松本幸四郎 饰）为人冷酷严厉，奢华无度，他利用职权之便大肆敛财，引得当地民众怨声载道。适值外务大臣即将来访的重要时刻，作为参事的川北健（及川光博 饰）不愿再涉足泥潭，准备召开媒体恳谈会将大使的罪行公布于众，他也由此引来杀身之祸。与此同时，刚巧来南美洲度假的古畑任三郎（田村正和 饰）因护照被猴子偷走而被迫滞留，所幸遇到了无处不在的花田（八岛智人 饰）而暂得栖身之地。不久之后，绑架川北的勒索信函送至，但是这封疑点重重的勒索信马上便引起古畑刑警的怀疑…… 本片为《古畑任三郎》系列第五部SP。
