1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
因为妇产科护士坦承12年前将有钱中产阶级的Quesnoy家的男孩与下层阶级Groselle（北非移民）家的女孩掉包，现在Quesnoy不想交还女 儿，还想把儿子Momo买过来。Momo是在粗野恶劣的家庭环境中长大的早熟聪明圆滑小惯窃，但是他到了Quesnoy家却把他们弄得鸡犬不宁。 这是一部社会讽刺剧，对有钱阶级和没钱阶级同时进行炮轰。故事讲一个护士跟上司有染，曾故意将两个初生婴儿调包。12年后，上司的妻子去世，但他不愿跟情妇结婚，于是她大爆调包秘密，使两户贫富差距相当明显的家庭陷入各自的危机。富家愿意把自己孩子接回去，穷的那家则拼命敲诈；穷家女儿回到富家后，将很多以前的习惯带了过去；富家的女儿对自己亲身父母颇为好奇，但他们却并不想把她领回去。
