1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
菲利浦和卡萝刚在一起，两人都在不久前才离婚。菲利浦想尽办法只为获得卡萝两个孩子的好感。他和卡萝的儿子打赌，如果他通过考试，顺利毕业的话，他就可以选择他想去的渡假胜地：伊维萨岛。对于习惯法国北部安宁生活的菲利浦来说，这趟旅程将带给他巨大惊喜……
京城首富之女阿宝（杨馥羽 饰）陷入了一种被称为“离魂之症”的昏睡状态，无法醒来。萧九和小花妖偶然发现，阿宝并非真的离体，而是受到邪魅力量的干扰。为了解救她，他们决定揭榜治疗。萧九运用入梦神机发现，阿宝的魂魄被法术困住在一个梦境中，而梦中的书生看起来并无特异之处，似乎是个普通人。 在唤醒阿宝的过程中，意外地引来了更大的麻烦。曾多次从萧九手中逃脱的蜂后突然现身，并卷入到了阿宝的事情中。与此同时，那位看似柔弱的书生似乎隐藏着某种秘密，而主动现身的蜂后也似乎有着不为人知的阴谋。奇门法师萧九和他的捉妖之路逐渐变得难以控制，面临着越来越多的未知和挑战。
